纽普生物

分子对接服务(molecular docking)

分子对接通常包含蛋白与小分子、蛋白与蛋白之间的对接。分子对接从流程上来说,非常简单,但是要想获得准确度非常高的模型还是需要一些技巧和经验。

另外,我们也提供蛋白结构解析服务帮助您获得真实准确的复合物模型。

分子对接(molecular docking)是基于钥匙理论,通过研究配体与受体(生物大分子)之间的相互作用,预测两者结合模式和亲和力进而从分子层面解释配体起作用的机制,也是实现基于结构的药物设计的一种重要的方法。

分子对接有什么用途?

  • 探索药物小分子和大分子受体的具体作用方式和结合构型;
  • 筛选可以与靶点结合的先导药物(虚拟筛选);
  • 解释药物分子产生活性的原因;
  • 指导合理地优化药物分子结构。

分子对接流程

蛋白与小分子的对接

  • 受体结构准备:通过数据库下载或同源建模构建受体三维结构;
  • 药物分子准备;
  • 对接口袋的确定
  • 对接
  • 分析对接模型及报告

蛋白与蛋白的对接

  • 蛋白结构模型准备:通过数据库下载或同源建模构建受体三维结构;
  • 对接,一般生成数万种pose
  • 如果知道某些残基参与结合,那么可以对对接pose进行过滤
  • 对对接POSE进行重新打分并排序,挑选2000种pose,计算all-against-all RMSD矩阵
  • 根据RMSD进行聚类分析
  • 根据聚类结果挑选模型进行能量优化,消除原子间的碰撞
  • 蛋白复合物的相互作用分析,并作图
  • 形成报告交付给客户

分子对接交付报告内容

  • 分子对接过程;
  • 受体与配体相互作用列表(包含参与结合的氨基酸及原子,距离,相互作用类型等信息);
  • 受体与配体相互作用精美作图(稍微修改就可以作为论文数据发表)

案例报告:同源建模与双底物分子的分子对接