基于RNA介导的CRISPR/Cas9基因组编辑技术，已经在多种生物中快速实现精准的基因位点编辑。与CRISPR/CAS9方法类似，已有方法可以实现RNA水平的碱基编辑以及内源RNA的转录成像，但是这些方法均依赖于外源基因探针的整合。在本课题中，作者发现了不具有核苷酸酶活性的CRISPR/Cas9，可以结合RNA并在活细胞体内示踪RNA。该酶被命名为RCas9，在靶向mRNA的sgRNAs存在条件下，可以从细胞核转运至细胞质。借助这一工具，作者观察了编码ACTB、CCNA2和TFRC的mRNAs的在RNA颗粒中的聚集，这一现象与免疫原位杂交的结果一致。此外，随着时间的变化，可以观察到ACTB的mRNA向应激颗粒的转运过程。综上，作者发现了一种利用RCas9示踪活细胞体内RNA的技术。

背景介绍

从DNA到RNA再到Protein这一中心法则，应该为大家所熟知了，每个元素的变化都会牵一发而动全身。例如，DNA的含量多少（染色体数目的变化可导致唐氏综合症）和其突变可导致各种遗传性疾病和恶性疾病、RNA转录水平变化的作用就更不用说了（最为常见的定量PCR检测对象）以及蛋白水平的变化（几乎大大小小的疾病都与它相关）和其表达位置的改变（常见的免疫荧光染色的目的之一）。

其中，针对RNA的检测，除了利用常规PCR，以及这两年发明的活细胞RNA检测纳米技术检测其表达水平变化（较时髦，想让课题高大上，可以考虑采用该技术，很多公司有试剂盒，为避嫌，就不说牌子了），还可以检测RNA在细胞内的不同位置的变化，当然如何实现这一点，以及实现了这一点又有如何意义，正是本文所要说明的。

在此之前，已经有人尝试利用其它的核苷酸编辑工具编辑并示踪RNA变化，如TALEN（二代核苷酸编辑技术，更早之前的为ZFN----锌指核酸酶）联合分子信标（beacon）或RNA适配体（Aptamer）等，但是这些方法均存在编辑能力有限、方法繁琐并耗时耗力等缺点。为此，在CRISPR/Cas9出现之后，没有理由不尝试采用这一新技术去解决上述的老问题，即示踪体内RNA，因此有了本文的故事。

论文解析

首先，虽然CRISPR/Cas9是DNA编辑工具，但是2014年有科研小组发现了针对RNA的靶向Cas酶。在此基础之上，作者设计了RCas9，即靶向RNA，而非DNA，同时又将无催化活性的Cas9酶与GFP连接。这样，一旦靶RNA被识别，就会出现GFP绿色信号。

其次，利用RCas9观察了常见基因的mRNAs在细胞内的定位（空间），并与常规RNA定位技术FISH进行了比较。

最后，利用RCas9技术观察了mRNA的动态变化（时间）。

大厨点评

1、该文在Cell的新兴板块Resource发表，更多了说明了文中提到的这一技术RCas9的实际应用价值，希望有公司可以尽快将相关Kit研发出来，推出市场。

2、关于开始提到的问题，既然有能力解决RNA定位的问题了，那么接下来的工作呢，RNA定位的意义在哪里？？有研究表明肌萎缩侧索硬化症（即ALS，大名鼎鼎物理学家霍金就是罹患此病，前两年的冰桶挑战就是为它而兴起的）等疾病就与RNA及其颗粒组装相关联，这下明白了吧，赶紧开始RCasing。

全文地址：Cell. 2016 Mar 16. pii:S0092-8674(16)30204-5. doi: 10.1016/j.cell.2016.02.054. Programmable RNA Trackingin Live Cells with CRISPR/Cas9.

来源：解螺旋

2016-06-02