文章资讯

预测蛋白点突变对功能影响的在线工具(Part-2)

我们继续来花式研究human PD-L1 (Uniprot: Q9NZQ7),V55F点突变对蛋白功能的影响。所采用的结构为PDB: 5JDS第三类,获取突变蛋白的结构文件及综合分析3.1 Missense3D网站:http://www.sbg.bio.ic.ac.uk/~missense3d/还是同样的填PDB编号或者上传5JDS.pdb结构文件,3分钟以后就得到了突变蛋白结构,可以直接下载,还有很多十几种基础的分析,包括二硫键,氢键,蛋白包埋,是否有二级结构变化等等。3.2 VarSite网...

查看详情

常用SMARTS列表

SMARTS是SMILES基础之上的改进版。SMARTS中增加的一点是,它允许使用通配符表示原子和化学键。因此,它在化合物数据库中广泛用于结构的计算机化搜索。这种搜索的机理是先通过输入的SMILES式重构化学式,再搜索子图的同形;而不是直接通过SMILES式的对比完成的。SMARTS编码的生成,主要采用JME软件。JME软件是由诺华公司开发的免费开源软件,是一个可以绘画和编辑分子结构的JAVA应用程序,并可以将分子结构存储为SMARTS编码,用于相似结构的检索。下面是一些常用的SMARTS:酰胺...

查看详情

小鼠、人和兔的Fc序列

>小鼠 IgG1 (P01868-1) AKTTPPSVYPLAPGSAAQTNSMVTLGCLVKGYFPEPVTVTWNSGSLSSGVHTFPAVLQSDLYTLSSSVTVPSSPRPSETVTCNVAHPASSTKVDKKIVPRDCGCKPCICTVPEVSSVFIFPPKPKDVLTITLTPKVTCVVVDISKDDPEVQFSWFVDDVEVHTAQTQPREEQFNSTFRSVSELPIMHQDWLNGKEFKCRVNSAAFPAPIEKTISKTKGRPKAPQVY...

查看详情

AlphaFold2安装过程、在线服务器及使用体验

强悍的结构预测软件AlphaFold2已经开源,程序代码部分基本可以随意使用包括分发、修改等,深度学习的模型不得用于商业化用途,对学术界来说是个重磅利好。 AlphaFold2开源地址:https://github.com/deepmind/alphafold AlphaFold2预测的结构数据库:https://www.alphafold.ebi.ac.uk/ 安装过程大致如上面那个网址描述的一般。网上也有更详细的教程: ...

查看详情

RNA、转录聚合酶、启动子及载体构建

生物体中的RNA种类繁多,功能复杂,一般按照是否编码蛋白质将其分为编码RNA(coding RNA)和非编码RNA(non-coding RNA, ncRNA)两大类。前者就是指mRNA,后者则包括很多种类,如众所周知的tRNA和rRNA,参与mRNA剪接的snRNA,参与RNA修饰的snoRNA等。 非编码RNA种类很多,按照长度可分为两大类:大于200 nt(核苷酸)的称为长非编码RNA(lncRNA),小于200 nt的称为小非编码RNA(small ncRNA),5...

查看详情

AlphaFold2能预测错义突变结构带来的影响吗?——不能

今天给大家介绍是Nature Structural & Molecular Biology上的一篇文章correspondence “Can AlphaFold2 predict the impact of missense mutations on structure?”。 AlphaFold2实现了从氨基酸序列预测蛋白质结构的目标,这是一个里程碑式的成就。虽然AF2的结构预测算法能够准确预测野生型(wild-type,WT)结构,但在预测错义突变对...

查看详情

腺相关病毒载体(AAV)与基因治疗

1 AAV简介 1.1 野生型AAV病毒 腺相关病毒(Adeno-associated viruse,AAV)载体是以AAV 基因组为骨架改造而来的基因递送工具。腺相关病毒属于细小病毒科的低致病性病毒,它的基因组为线性单链DNA,大小约 4.7 kB,在基因组两端分别有一条反向末端重复序列(Inverted terminal repeat,ITR),与病毒基因组高效释放、选择性复制和包装密切相关,基因组编码区有2个开放阅读框,分别编码4种Rep 蛋白和3种Cap...

查看详情

常见去垢剂的类型及临界成胶束浓度(CMC)

根据其结构,去垢剂可大致分为:离子型、两性型和非离子型。 离子型去垢剂含有阴离子或阳离子头基,并带有净电荷。离子型去垢剂胶束的大小由侧链的疏水吸引力和离子基团的排斥力共同决定。因此,随着反离子浓度的增加,头基团上的电荷被中和,胶束体积就会增大。胶束尺寸也会随着烷基链长度的增加而增大。离子型去垢剂在溶解膜蛋白方面非常有效,但几乎总是会在一定程度上使得蛋白质变性。 非离子型去垢剂含有不带电的亲水性头基,由聚氧乙烯分子或糖苷基团组成。由于非离子去污剂能打破脂质-脂质和...

查看详情

显示 1 - 10 (共10篇)