SwissSidechain中旋转异构体缩写及全称
SwissSidechain包含了230种非标准氨基酸的gromacs和CHARMM的拓扑文件。在引入非标准氨基酸突变及分子动力学模拟中有极大的应用。为了方便查阅SwissSidechain的残基缩写所指代的真正内容，故整理下表： 缩写 指代内容 ...
查看详情2019-nCov Mpro虚拟筛选寻找潜在抑制剂
已有研究表明，新型肺炎冠状病毒3CL水解酶可能成为抗新型冠状病毒药物的一个研究靶点。针对2019-nCov Mpro我们试图通过虚拟筛选寻找潜在抑制剂。 本文数据打包下载 用到的软件 Autodock Vina，Pymol 结构建模 2019-nCov Mpro蛋白序列： SGFRKMAFPSGKVEGCMVQVTCGTTTLNGLWLDDVVYCPRHVICTSEDMLNPNYEDLLIR ...
查看详情Ubuntu 18.04 TLS 64位系统运行32位程序及libstdc++.so.5问题解决
在Ubuntu 18.04 TLS 64位系统运行一个程序时报错：没有那个文件或目录(no such file or directory) 通过如下两行命令看看问题出在哪： file OldProgramNameHere 返回： create_multimer: ELF 32-bit LSB executable, Intel 80386, version 1 (SYSV), dynamically linked, interpreter...
查看详情Vina、DOCK6和Rosetta在蛋白与小分子对接中准确性简单比较
Autodock Vina和DOCK6是两个广泛应用的开源免费分子对接软件，有着相当高的准确性。Rosetta是计算生物学皇冠上的一颗璀璨明珠（State of Art），也是人类通往全新蛋白设计的巴别塔，实力自然不容小觑。我们就简单的比较下Vina、DOCK6和Rosetta三款软件用于蛋白与小分子对接的准确性。对接的难度随着可旋转键数的增加而呈指数级增加。假设配体分子每个旋转键有3种可能的状态，那么25个旋转键将会产生8.5*10^11种可能构象，在有限的计算资源和时间内搜索到较优构象的概率...
查看详情ZDOCK抗原蛋白与抗体刚性对接案例研究
在蛋白与蛋白对接软件中，有两款基于快速傅里叶转换（FFT）的刚性对接软件：ZDOCK和PIPER。由于在线版的ZDOCK不会用到ZRANK重排序和聚类分析，我们就以ZDOCK为基础，结合ZRANK和聚类分析看看对挑选模型有没有帮助。 目标模型：6JBT，是PD-1与Fab的复合物结构，分辨率：2.47Å 计算过程： 从6JBT模型中分离Fab与PD1，分别保存为lig.pdb和rec.pdb。对抗原和抗体分子进行处理（去HETAT...
查看详情IC50、pIC50、EC50、ED50、Ki、Kd、KD、Ka、Km、Kon、Koff概念辨析
IC50：半抑制浓度(或称半抑制率)，即IC50，对指定的生物过程（或该过程中的某个组分比如酶、受体、细胞等）抑制一半时所需的药物或者抑制剂的浓度。药学中用于表征拮抗剂（antagonist）在体外实验（in vitro）中的拮抗能力。pIC50：pIC50=-log(IC50)EC50：是指在特定暴露时间后，能达到50%最大生物效应对应的药物、抗体或者毒素等的浓度。药学中除了用于表征体外实验中（in vitro）激动剂（agonist）的激活能力外，还可用于表示达到体内（in vivo）最大生...
查看详情结构生物学常见问题解答2（FAQ）
1. X射线晶体衍射解结构需要的软件：1.1 原始数据处理：HKL3000、 MOSFLM 、 XDS等1.2 解结构：CCP4, COOT, Phenix, CNS，ARP/wARP等2. 冷冻电镜重构需要用到的软件：2.1. 图片格式转化：IMOD；2.2. 矫正卷积：Motioncorr；2.3. 去未对焦偏移图片：CTFFFIND3 2.4. 选择范围，组装处理：RELION 2.5. 结构组装：UCSF Chimera3. 蛋白结构预测用的在线工具：推荐使用：I-T...
查看详情linux下pymol找不到BLOSUM62问题
运行pymol的align命令时报错：Match-Error: unable to open matrix file '/usr/lib/python2.7/dist-packages/pymol/data/pymol/matrices/BLOSUM62'.经查询/usr/lib/python2.7/dist-packages/pymol/文件夹下不存在data目录，而且BLOSUM62也确实存在，不过位置是在：/usr/share/pymol/data/pymol/matric...
查看详情找不到libg2c.so.0库的解决方法
Ubuntu 18.04运行某程序时报错：error while loading shared libraries: libg2c.so.0: cannot open shared object file: No such file or directory就是说缺少libg2c库解决办法：从旧版包中获得：http://old-releases.ubuntu.com/ubuntu/p ... 5_i386.debhttp://old-releases.ubuntu.com/ubuntu/p .....
查看详情AutoDock常见问题解答
AutoDock能用于Blind Docking吗？如果蛋白与小分子的结合位点未知，这种情况下的分子对接我们称之为Blind Docking，即只知道蛋白和小分子的结构。AutoDock可以用于Blind Docking。通过AutoGrid设置非常大的网格盒子就可以了，将整个蛋白都包含在内。参考文献：1. Hetenyi, C. and van der Spoel, D. (2002) Efficient docking of pep...
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