Autodock Vina和DOCK6是两个广泛应用的开源免费分子对接软件，有着相当高的准确性。Rosetta是计算生物学皇冠上的一颗璀璨明珠（State of Art），也是人类通往全新蛋白设计的巴别塔，实力自然不容小觑。我们就简单的比较下Vina、DOCK6和Rosetta三款软件用于蛋白与小分子对接的准确性。

对接的难度随着可旋转键数的增加而呈指数级增加。假设配体分子每个旋转键有3种可能的状态，那么25个旋转键将会产生8.5*10^11种可能构象，在有限的计算资源和时间内搜索到较优构象的概率也自然大大降低。为此，我们选了3种含不同可旋转键数的结构模型作为研究对象，分别是3U4R, 1EED, 6U26。

Vina作为一款半柔性对接程序（柔性对接效果不太行），我们只做半柔性对接，即配体分子柔性，蛋白为刚性；Dock6做半柔性对接和柔性对接，共两种；Rosetta则先做低分辨率对接（类似刚性对接）再做高分辨率对接（类似柔性对接）。对接完成后，选取最优模型计算最优模型与目标模型的RMSD值，如果RMSD在3埃以上，基本认为对接结果是错误的；在2埃以内则结果算是非常准确的了。

对接结果

从上表看出，Vina在可旋转键比较少的情况下，对接准确性非常高（无论是文献报道还是我们做的其他对比实验）；DOCK6在可旋转键比较多的时候，有着非常惊艳的表现。Rosetta表现则中规中矩。这也是我们目前通常采用的策略，如果可旋转键比较少，我们采用Vina进行对接；如果可旋转键比较多，我们采用DOCK6进行对接，柔性对接和半柔性对接都做。DOCK6无法完成的复杂任务，比如口袋由多个亚基形成同时可旋转键比较多，我们则采用Rosetta进行对接。

一般在虚拟筛选中，药物分子通常较小，可旋转键一般不超过10个，Vina完全可以胜任。

本次实验样本较少，不具有统计学意义。如果对此感兴趣，有很多文献对这些软件的准确性进行了对比，可以找来看看。

Souce: 纽普生物    2020-01-11