已有研究表明，新型肺炎冠状病毒3CL水解酶可能成为抗新型冠状病毒药物的一个研究靶点。针对2019-nCov Mpro我们试图通过虚拟筛选寻找潜在抑制剂。 本文数据打包下载 用到的软件 Autodock Vina，Pymol 结构建模 2019-nCov Mpro蛋白序列： SGFRKMAFPSGKVEGCMVQVTCGTTTLNGLWLDDVVYCPRHVICTSEDMLNPNYEDLLIR ...

SwissSidechain包含了230种非标准氨基酸的gromacs和CHARMM的拓扑文件。在引入非标准氨基酸突变及分子动力学模拟中有极大的应用。为了方便查阅SwissSidechain的残基缩写所指代的真正内容，故整理下表： 缩写 指代内容 ...

研究蛋白点突变带来的结构改变，最好的自然是通过实验手段得到突变蛋白的结构。但是初期的研究，或者无法实验得到结构的蛋白，各式在线工具都可以方便的进行分析和预测，不需要学习专业的软件就可以得到非常漂亮，直观的数据。 本文以human PD-L1 (Uniprot: Q9NZQ7)，V55F点突变为例子，通过8大类在线工具，全方位分析突变可能的影响。 第一类，预测点突变是有害突变还是中性。 注意只能用于SNP错义突变，其他比如缺失，插入...

我们继续来花式研究human PD-L1 (Uniprot: Q9NZQ7)，V55F点突变对蛋白功能的影响。所采用的结构为PDB: 5JDS第三类，获取突变蛋白的结构文件及综合分析3.1 Missense3D网站：http://www.sbg.bio.ic.ac.uk/~missense3d/还是同样的填PDB编号或者上传5JDS.pdb结构文件，3分钟以后就得到了突变蛋白结构，可以直接下载，还有很多十几种基础的分析，包括二硫键，氢键，蛋白包埋，是否有二级结构变化等等。3.2 VarSite网...

SMARTS是SMILES基础之上的改进版。SMARTS中增加的一点是，它允许使用通配符表示原子和化学键。因此，它在化合物数据库中广泛用于结构的计算机化搜索。这种搜索的机理是先通过输入的SMILES式重构化学式，再搜索子图的同形；而不是直接通过SMILES式的对比完成的。SMARTS编码的生成，主要采用JME软件。JME软件是由诺华公司开发的免费开源软件，是一个可以绘画和编辑分子结构的JAVA应用程序，并可以将分子结构存储为SMARTS编码，用于相似结构的检索。下面是一些常用的SMARTS：酰胺...

>小鼠 IgG1 (P01868-1) AKTTPPSVYPLAPGSAAQTNSMVTLGCLVKGYFPEPVTVTWNSGSLSSGVHTFPAVLQSDLYTLSSSVTVPSSPRPSETVTCNVAHPASSTKVDKKIVPRDCGCKPCICTVPEVSSVFIFPPKPKDVLTITLTPKVTCVVVDISKDDPEVQFSWFVDDVEVHTAQTQPREEQFNSTFRSVSELPIMHQDWLNGKEFKCRVNSAAFPAPIEKTISKTKGRPKAPQVY...

BRAVAIS- POSSIBLE SPACE-GROUPS FOR PROTEIN CRYSTALS TYPE [SPACE GROUP NUMBER,SYMBOL] aP [1,P1] mP [3,P2] [4,P2(1)] mC,mI [5,C2] oP [16,P222] [17,P222(1)] [18,P2(1)2(1)2] [19,P2(1)2(1)2(1)] oC ...

强悍的结构预测软件AlphaFold2已经开源，程序代码部分基本可以随意使用包括分发、修改等，深度学习的模型不得用于商业化用途，对学术界来说是个重磅利好。 AlphaFold2开源地址：https://github.com/deepmind/alphafold AlphaFold2预测的结构数据库：https://www.alphafold.ebi.ac.uk/ 安装过程大致如上面那个网址描述的一般。网上也有更详细的教程： ...

生物体中的RNA种类繁多，功能复杂，一般按照是否编码蛋白质将其分为编码RNA（coding RNA）和非编码RNA（non-coding RNA, ncRNA）两大类。前者就是指mRNA，后者则包括很多种类，如众所周知的tRNA和rRNA，参与mRNA剪接的snRNA，参与RNA修饰的snoRNA等。 非编码RNA种类很多，按照长度可分为两大类：大于200 nt（核苷酸）的称为长非编码RNA（lncRNA），小于200 nt的称为小非编码RNA（small ncRNA），5...

今天给大家介绍是Nature Structural & Molecular Biology上的一篇文章correspondence “Can AlphaFold2 predict the impact of missense mutations on structure?”。 AlphaFold2实现了从氨基酸序列预测蛋白质结构的目标，这是一个里程碑式的成就。虽然AF2的结构预测算法能够准确预测野生型(wild-type,WT)结构，但在预测错义突变对...