估计很多人担心Pymol是商业软件而不敢使用，我们先看pymol官网的一句话，PyMOL: A molecular visualization system on an open source foundation, maintained and distributed by Schrödinger.Pymol是一个开源项目，现在由Schrödinger开发、支持和管理，现在已经更新到2.4版。有企业版、政府和学术版、教学版，还有开源版。除了开源版和教学版外，其他都是需要付费购买的。目前从网络上...
查看详情.lst-li li span:nth-child(2){ color: #009688; margin-left: 10px; } Zhao Y, Hou Y, Ren J, Gao X, Meng L, Liu Y, Xing C, Shen W. Phenotypic characteristics of taurodontism and a novel WNT10A variant in non-syndromi...
查看详情Bartlett等人分析了178个酶（有结构报道）及他们的催化残基特征，并总结成文。催化残基定义:1. 直接参与催化，比如作为亲核试剂的残基.2. 对另外一个直接参与催化的残基或者水分子施加影响的残基（例如静电或者酸碱作用）。3. 稳定过渡态中间体的残基。4. 对底物或者辅因子施加影响，从而辅助催化。比如极化作用。平均每个酶有3.5个催化残基。残基的分布频率及所在的二级结构特征在所有催化残基中，有65%的残基是带电氨基酸（H, R, K, E, D），有27%的残基是极性氨基酸（Q, T, S,...
查看详情之前我们用了AutoDock 4写了个实例教程，教程地址：http://www.novopro.cn/articles/201712271167.html 今天我们就用一个号称精度更高，对接速度更快的软件AutoDock Vina做一个案例讲解。 这图表示用AutoDock4对接的话，有50%的概率是比较准的，还有50%的概率不太准。而用AutoDock Vina对接的话，比较准（衡量的标准是RMSD<2埃）的概率提高到了78%。备注：RMSD衡量的是预测结果与真实结果中原...
查看详情不对称单元(Asymmetric Unit)是晶体学中的一个概念。定义是：在空间群的对称操作作用下，可以产生出晶胞中全部源自的最少数目的原子或原子团，就叫做不对称单元或不对称单位，也就是晶体学独立单元。也就是说不对称单元可以通过对称操作形成晶胞。我们从PDB数据库上下载的原子坐标文件就是其实是一个不对称单元中的原子数据。 那么什么是晶胞呢？ 晶胞(unit cell)：晶体中重复出现的最基本的结构单元。晶胞都是平行六面体，整块晶体可看作是数量巨大的晶胞“无隙并置”而成。所谓“无隙”，是指相邻...
查看详情一.多肽的保存多肽保存指南：冻干粉形式的多肽，经密封包装可在常温条件下稳定运输，溶解状态的多肽不宜长期保存。需要长期保存的多肽，应以冻干粉形式存放在含有干燥剂的密封容器内，置于-20°C保存，-80°C效果更好，可以最大限度地避免多肽降解，避免了被细菌降解和氧化，也可以避免二级结构的形成。大多数肽用这种储存方式可以使多肽保存半年以上，稳定性差一些的多肽一般也可以保存3个月以上。打开包装： 在打开包装和称重前，请先将多肽在干燥器中平衡至室温。因多肽往往具有吸湿性，未经平衡到室温的多肽在打...
查看详情严禁转载！ 冷冻电镜目前如日中天，今天，单粒子冷冻电镜已经不再是结构生物学领域的一种互补技术，而是逐渐成为了一种主导技术，以深刻和前所未有的方式改变结构生物学领域，促进并引领着重大新发现。今天，本文就试图从PDB数据库中一些冷冻电镜结构数据出发，来对冷冻电镜技术做一点简单的阐述。全文分6个部分来阐述：1.概述；2.冷冻电镜的发展状况；3. Cryo-EM蛋白结构分辨率的变化情况；4. 用于蛋白结构研究的冷冻电镜的主流配置；5. 冷冻电镜蛋白...
查看详情目前单克隆抗体制备技术有杂交瘤技术、EBV 转化B 淋巴细胞技术、噬菌体展示技术、转基因小鼠技术以及单个B 细胞抗体制备技术等。传统的鼠杂交瘤单克隆抗体技术的基本过程是将来源于免疫接种过的小鼠的B 细胞与骨髓瘤细胞融合，继而筛选出既能无限增殖又能分泌抗体的鼠杂交融合细胞，但是这种方法得到的鼠源抗体免疫原性高、半衰期短，往往临床疗效不显著。即使是对鼠源单克隆抗体进行完全人源化的基因工程改造，也不可能完全消除鼠源单抗的免疫原性，对临床疗效的改善依然有限。人杂交瘤技术是在鼠杂交瘤技术的基础上发展的一种...
查看详情#vector-selection-filter input, #vector-selection-filter select{ padding:0; border-radius:unset; } 在线载体选择工具 该工具可以从表达宿主，启动子，细菌抗性，筛选标记，质粒拷贝数，融合标签等方面进行快速的载体选择。可以在下表的第二行输入相应参数进行快速的载体过滤。 载体名称 表达系统 ...
查看详情PDB(Protein Data Bank)是一种标准文件格式, 其中包含原子的坐标等信息, 提交给 Protein Data Bank at the Research Collaboratory for Structural Bioinformatics (RCSB) 的结构都使用这种标准格式. 这里整理网上已有的一些资料, 对PDB格式做个简短介绍. 对大多数用户而言, 了解这些内容就够了, 但对那些需要创建PDB文件的用户, 请参考PDB格式官方文档.完整的PDB文件提供了非常多的信息, ...
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