估计很多人担心Pymol是商业软件而不敢使用，我们先看pymol官网的一句话，PyMOL: A molecular visualization system on an open source foundation, maintained and distributed by Schrödinger.
Pymol是一个开源项目，现在由Schrödinger开发、支持和管理，现在已经更新到2.4版。有企业版、政府和学术版、教学版，还有开源版。除了开源版和教学版外，其他都是需要付费购买的。目前从网络上下载的Edu版的pymol有很多功能限制，对于要发表文章需要图片渲染等高级功能的用户来说极为不便。本文就讲解下免费开源版PyMOL的安装教程，适用于window系统32位和64位系统，PyMOL 有2.1，2.3和2.4.0a0等版本。
Window系统的pymol运行需要依赖python环境，PMW模块。
而Pymol的安装是通过一个python包（Python Wheels）安装的，因此在开始之前，我们需要根据系统的位数（32位还是64位）以及python的版本来选择pymol包进行下载。
Windows系统位数 | Python版本 | ||||
2.7 | 3.5 | 3.6 | 3.7 | 3.8 | |
32位 | |||||
64位 | |||||
比方说，系统是windows 64位，系统中有python 3.7（或者打算安装python 3.7），那么我们就可以有2个选择，可以选择下载pymol-2.3.0-cp37-cp37m-win_amd64.whl或者pymol-2.4.0a0-cp37-cp37m-win_amd64.whl，对应的版本分别是pymol 2.3和pymol 2.4.
如果有更新的pymol包，可以到这个网址进行查看：https://github.com/cgohlke/pymol-open-source-wheels/releases
好了，背景已经介绍完了，现在进入实操。
1. 安装python环境
1.0 如果系统中已经有了python环境，则跳过这一步。可以通过命令行：python –V来查看python的版本号。
1.1 进入python官网下载windows版的安装包，网址：https://www.python.org/downloads/
1.2 注意的是下载的安装包要和windows系统位数对应，x86对应的是32位系统；x86-64对应的是64位系统，我们就以python 3.7为例，由于我们的系统是64位的，所以下载的安装包为：Windows x86-64 executable installer
1.3 下载完成后，双击进行安装，记得勾选上Add Python to environment variables，不然后续命令行操作会出现问题。
1.4 如果安装成功，Win+R，cmd进入命令行，键入python –V就可以看到python的版本号，同时也说明安装成功。如果报错“python不是内部或外部命令，也不是可运行的程序或批处理文件。”那么说明python的地址没有加入环境变量。
2. 安装PMW
命令行键入：python -m pip install pmw
提示说成功安装pmw，Successfully installed pmw-2.0.1
3. 下载并安装pymol包
3.1 根据系统位数和python版本选择某个pymol包进行下载，放在某个磁盘根目录。在这里，我们选择安装pymol-2.3.0-cp37-cp37m-win_amd64.whl，并放在D:/根目录。
3.2 命令行下，将盘符切换到D:盘，键入命令：python -m pip install pymol-2.3.0-cp37-cp37m-win_amd64.whl
提示安装成功
4. 完成，找到pymol主程序的位置
本文中pymol的主程序地址为：C:\Users\admin\AppData\Local\Programs\Python\Python37\Scripts\pymol.exe
其中红色背景部分应该会与不同电脑设置及python版本相一致。
最终pymol打开的效果图：
Souce: 纽普生物 2019-06-12