一.多肽的保存多肽保存指南：冻干粉形式的多肽，经密封包装可在常温条件下稳定运输，溶解状态的多肽不宜长期保存。需要长期保存的多肽，应以冻干粉形式存放在含有干燥剂的密封容器内，置于-20°C保存，-80°C效果更好，可以最大限度地避免多肽降解，避免了被细菌降解和氧化，也可以避免二级结构的形成。大多数肽用这种储存方式可以使多肽保存半年以上，稳定性差一些的多肽一般也可以保存3个月以上。打开包装： 在打开包装和称重前，请先将多肽在干燥器中平衡至室温。因多肽往往具有吸湿性，未经平衡到室温的多肽在打...

不对称单元(Asymmetric Unit)是晶体学中的一个概念。定义是：在空间群的对称操作作用下，可以产生出晶胞中全部源自的最少数目的原子或原子团，就叫做不对称单元或不对称单位，也就是晶体学独立单元。也就是说不对称单元可以通过对称操作形成晶胞。我们从PDB数据库上下载的原子坐标文件就是其实是一个不对称单元中的原子数据。 那么什么是晶胞呢？ 晶胞(unit cell)：晶体中重复出现的最基本的结构单元。晶胞都是平行六面体，整块晶体可看作是数量巨大的晶胞“无隙并置”而成。所谓“无隙”，是指相邻...

之前我们用了AutoDock 4写了个实例教程，教程地址：http://www.novopro.cn/articles/201712271167.html 今天我们就用一个号称精度更高，对接速度更快的软件AutoDock Vina做一个案例讲解。 这图表示用AutoDock4对接的话，有50%的概率是比较准的，还有50%的概率不太准。而用AutoDock Vina对接的话，比较准（衡量的标准是RMSD<2埃）的概率提高到了78%。备注：RMSD衡量的是预测结果与真实结果中原...

Bartlett等人分析了178个酶（有结构报道）及他们的催化残基特征，并总结成文。催化残基定义:1. 直接参与催化，比如作为亲核试剂的残基.2. 对另外一个直接参与催化的残基或者水分子施加影响的残基（例如静电或者酸碱作用）。3. 稳定过渡态中间体的残基。4. 对底物或者辅因子施加影响，从而辅助催化。比如极化作用。平均每个酶有3.5个催化残基。残基的分布频率及所在的二级结构特征在所有催化残基中，有65%的残基是带电氨基酸（H, R, K, E, D），有27%的残基是极性氨基酸（Q, T, S,...

strong, em { font-weight: 600; } 蛋白结构解析项目我们不要求署名及保密要求，不展示摘录。 文章 文章链接 产品/服务 ...

估计很多人担心Pymol是商业软件而不敢使用，我们先看pymol官网的一句话，PyMOL: A molecular visualization system on an open source foundation, maintained and distributed by Schrödinger.Pymol是一个开源项目，现在由Schrödinger开发、支持和管理，现在已经更新到2.4版。有企业版、政府和学术版、教学版，还有开源版。除了开源版和教学版外，其他都是需要付费购买的。目前从网络上...

单个氨基酸的变化有可能会剧烈的影响蛋白的活性和功能，除了通过X-ray实验的方法以外。用软件来预测点突变蛋白的结构，解释其功能的变化/无变化，是最常见的蛋白结构分析的工具。接下来我们会通过一个实际的点突变例子来介绍操作方法。范例蛋白名称：BARNASE, 点突变E73WWT蛋白PDB编号：1b27序列：>1b27:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCEAQVINTFDGVADYLQTYHKLPDNYITKSEAQALGWVASKGNLADVAPGKSIGGDIFSNREGKLPGKS...

我们在做分子对接，特别是蛋白与多肽小分子对接的时候需要准备多肽分子的结构文件才能用于后续的对接操作。我们可以利用ChemDraw等软件来完成这个操作，但是这类软件一般都是商业软件，需要付费。为此，前不久我们写了一款在线工具，用来在线免费的将多肽序列转换成SMILES，有了SMILES就很容易转换成.sdf或者pdb等格式了。这款在线工具支持20种L型自然氨基酸以及D型氨基酸，同时支持各种成环方式，包括首尾成环，二硫键成环等7种成环方式。在线工具地址：多肽序列转SMILES用法很简单，可以参考页面...

本文主要讲述基于ZDOCK算法的蛋白与蛋白之间的分子对接基本过程。ZDOCK算法是提供2个蛋白结构的刚体对接，并根据配体位置对pose进行聚类。该方法还可以利用ZRANK分数对对接的pose进行排序。开始对接之前需要考虑以下几个因素：1.       如果受体或者配体蛋白中有确实的原子或者残基，需要补全。a)         如果缺失的原子或残基在蛋白质表面...

PDB数据库中发布的结构中大约有88%是来自X射线晶体学方法，这些模型的质量差异很大，但是鲜有错误的或者伪造的。通常，模型的质量由模型的分辨率，R值，尤其是Free R表示。可以从PDB Reports获得有关模型质量的有用信息，包括Ramachandran图。分辨率是衡量收集的X光衍射数据质量的一个指标。毋庸置疑，分辨率越好，最终得到的原子模型自然也越可信。由于分辨率分映了分子堆叠的无序性，很大程度上由蛋白分子本身的性质、结晶条件所决定。因此，在有限资源的情况下，不可能去无限的追求分辨率的提高...