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RNA、转录聚合酶、启动子及载体构建

生物体中的RNA种类繁多,功能复杂,一般按照是否编码蛋白质将其分为编码RNA(coding RNA)和非编码RNA(non-coding RNA, ncRNA)两大类。前者就是指mRNA,后者则包括很多种类,如众所周知的tRNA和rRNA,参与mRNA剪接的snRNA,参与RNA修饰的snoRNA等。 非编码RNA种类很多,按照长度可分为两大类:大于200 nt(核苷酸)的称为长非编码RNA(lncRNA),小于200 nt的称为小非编码RNA(small ncRNA),5...

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AlphaFold2安装过程、在线服务器及使用体验

强悍的结构预测软件AlphaFold2已经开源,程序代码部分基本可以随意使用包括分发、修改等,深度学习的模型不得用于商业化用途,对学术界来说是个重磅利好。 AlphaFold2开源地址:https://github.com/deepmind/alphafold AlphaFold2预测的结构数据库:https://www.alphafold.ebi.ac.uk/ 安装过程大致如上面那个网址描述的一般。网上也有更详细的教程: ...

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小鼠、人和兔的Fc序列

>小鼠 IgG1 (P01868-1) AKTTPPSVYPLAPGSAAQTNSMVTLGCLVKGYFPEPVTVTWNSGSLSSGVHTFPAVLQSDLYTLSSSVTVPSSPRPSETVTCNVAHPASSTKVDKKIVPRDCGCKPCICTVPEVSSVFIFPPKPKDVLTITLTPKVTCVVVDISKDDPEVQFSWFVDDVEVHTAQTQPREEQFNSTFRSVSELPIMHQDWLNGKEFKCRVNSAAFPAPIEKTISKTKGRPKAPQVY...

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常用SMARTS列表

SMARTS是SMILES基础之上的改进版。SMARTS中增加的一点是,它允许使用通配符表示原子和化学键。因此,它在化合物数据库中广泛用于结构的计算机化搜索。这种搜索的机理是先通过输入的SMILES式重构化学式,再搜索子图的同形;而不是直接通过SMILES式的对比完成的。SMARTS编码的生成,主要采用JME软件。JME软件是由诺华公司开发的免费开源软件,是一个可以绘画和编辑分子结构的JAVA应用程序,并可以将分子结构存储为SMARTS编码,用于相似结构的检索。下面是一些常用的SMARTS:酰胺...

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预测蛋白点突变对功能影响的在线工具(Part-2)

我们继续来花式研究human PD-L1 (Uniprot: Q9NZQ7),V55F点突变对蛋白功能的影响。所采用的结构为PDB: 5JDS第三类,获取突变蛋白的结构文件及综合分析3.1 Missense3D网站:http://www.sbg.bio.ic.ac.uk/~missense3d/还是同样的填PDB编号或者上传5JDS.pdb结构文件,3分钟以后就得到了突变蛋白结构,可以直接下载,还有很多十几种基础的分析,包括二硫键,氢键,蛋白包埋,是否有二级结构变化等等。3.2 VarSite网...

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预测蛋白点突变对功能影响的在线工具(Part-1)

研究蛋白点突变带来的结构改变,最好的自然是通过实验手段得到突变蛋白的结构。但是初期的研究,或者无法实验得到结构的蛋白,各式在线工具都可以方便的进行分析和预测,不需要学习专业的软件就可以得到非常漂亮,直观的数据。 本文以human PD-L1 (Uniprot: Q9NZQ7),V55F点突变为例子,通过8大类在线工具,全方位分析突变可能的影响。 第一类,预测点突变是有害突变还是中性。 注意只能用于SNP错义突变,其他比如缺失,插入...

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SwissSidechain中旋转异构体缩写及全称

SwissSidechain包含了230种非标准氨基酸的gromacs和CHARMM的拓扑文件。在引入非标准氨基酸突变及分子动力学模拟中有极大的应用。为了方便查阅SwissSidechain的残基缩写所指代的真正内容,故整理下表: 缩写 指代内容 ...

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2019-nCov Mpro虚拟筛选寻找潜在抑制剂

已有研究表明,新型肺炎冠状病毒3CL水解酶可能成为抗新型冠状病毒药物的一个研究靶点。针对2019-nCov Mpro我们试图通过虚拟筛选寻找潜在抑制剂。 本文数据打包下载 用到的软件 Autodock Vina,Pymol 结构建模 2019-nCov Mpro蛋白序列: SGFRKMAFPSGKVEGCMVQVTCGTTTLNGLWLDDVVYCPRHVICTSEDMLNPNYEDLLIR ...

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