纽普生物

预测蛋白点突变对功能影响的在线工具(Part-2)

我们继续来花式研究human PD-L1 (Uniprot: Q9NZQ7),V55F点突变对蛋白功能的影响。所采用的结构为PDB: 5JDS

第三类,获取突变蛋白的结构文件及综合分析

3.1 Missense3D

网站:http://www.sbg.bio.ic.ac.uk/~missense3d/

还是同样的填PDB编号或者上传5JDS.pdb结构文件,3分钟以后就得到了突变蛋白结构,可以直接下载,还有很多十几种基础的分析,包括二硫键,氢键,蛋白包埋,是否有二级结构变化等等。

3.2 VarSite

网站:https://www.ebi.ac.uk/thornton-srv/databases/cgi-bin/VarSite/GetPage.pl?home=TRUE

输入Uniprot编号和突变位置,可以拿到很多漂亮的图。比如下面字母越大说明这个氨基酸越保守,突变概率越小,55V看起来就比较保守:

还有很多有意义的分析和解析,比如分析突变以后跟其他蛋白相互作用的影响:

第四类,蛋白柔性分析(Protein flexibility)

很多时候,突变会导致蛋白某一段结构变得不稳定,蛋白摆动变大,体现在B-factor(温度因子)的上升。同样可以用简单的在线工具来分析。

4.1 PredyFlexy

网站:https://www.dsimb.inserm.fr/dsimb_tools/predyflexy/

分别对于野生型和突变蛋白做柔性分析, 可以对比突变以后柔性的变化,可以看到突变以后,突变的区域蛋白柔性有一定的提升。

第五类,蛋白残基相互作用网络,研究突变前后相互作用的变化

5.1 The Residue Interaction Network Generator (RING)

网站:http://protein.bio.unipd.it/ring/

可以得到非常漂亮的蛋白残基网络图,可以方便的看到所有的氨基酸之间的氢键,二硫键之类的信息,特别炫酷,但是信息太多,而且不能旋转放大,没有直接在软件上观察来的容易。

Souce: 纽普生物    2020-04-19