已有研究表明,新型肺炎冠状病毒3CL水解酶可能成为抗新型冠状病毒药物的一个研究靶点。针对2019-nCov Mpro我们试图通过虚拟筛选寻找潜在抑制剂。
本文数据打包下载用到的软件
Autodock Vina,Pymol
结构建模
2019-nCov Mpro蛋白序列:
SGFRKMAFPSGKVEGCMVQVTCGTTTLNGLWLDDVVYCPRHVICTSEDMLNPNYEDLLIR
KSNHNFLVQAGNVQLRVIGHSMQNCVLKLKVDTANPKTPKYKFVRIQPGQTFSVLACYNG
SPSGVYQCAMRPNFTIKGSFLNGSCGSVGFNIDYDCVSFCYMHHMELPTGVHAGTDLEGN
FYGPFVDRQTAQAAGTDTTITVNVLAWLYAAVINGDRWFLNRFTTTLNDFNLVAMKYNYE
PLTQDHVDILGPLSAQTGIAVLDMCASLKELLQNGMNGRTILGSALLEDEFTPFDVVRQC
SGVTFQ
截止我们在做本次筛选之时,依然没有见到2019-nCov Mpro晶体结构模型的公开报道。因此,我们通过I-TASSER软件先完成2019-nCov Mpro的结构建模。
结合口袋的确定
PDB数据库中有多个2019-nCov Mpro同源结构与抑制剂的复合物结构,比如2GTB和2A5K。根据2019-nCov Mpro与2GTB和2A5K的结构比对确定结合口袋残基主要为:25T,26T,27L,41H,42V,44C,49M,52,54Y,140F,141L,142N,143G,144S,145C,163H,164H,165M,166E,167L,168P,172H,185F,187D,188R,189Q,190T,192Q,193A。口袋中心:(78.5,62.4,80.5),口袋大小设置为:(30,30,30)
小分子库的准备
我们以DrugBank获批的药物做为筛选库(2639种)进行筛选。
筛选结果
对筛选结果我们按照对接能量升序排列,取前20结果进行分析,结果见下表。
配体ID |
对接分数(kcal/mol) |
配体名称 |
作用 |
DB00602 |
-10.01 |
Ivermectin |
一种广谱抗寄生虫药 |
DB00320 |
-9.27 |
Dihydroergotamine |
用作血管收缩剂,特别是用于偏头痛的治疗。 |
DB09297 |
-9.23 |
Paritaprevir |
抗病毒药物,作为联合治疗的一部分,用于治疗慢性丙型肝炎 |
DB13345 |
-9.14 |
Dihydroergocristine |
已被证明对记忆和认知有影响 |
DB01396 |
-9.11 |
Digitoxin |
用于治疗和管理充血性心功能不全、心律失常和心力衰竭。 |
DB11273 |
-9.1 |
Dihydroergocornine |
一种具有很强降血压作用的麦角化合物 |
DB00646 |
-9.07 |
Nystatin |
一种多烯类抗真菌药物,具有广谱杀真菌和抑菌活性,对多种酵母菌和真菌,尤其是念珠菌属真菌有明显的抑制作用 |
DB09027 |
-9.03 |
Ledipasvir |
一种直接作用抗病毒药物(DAA),作为联合治疗的一部分用于治疗慢性丙型肝炎 |
DB00872 |
-9.01 |
Conivaptan |
一种抗利尿激素(血管加压素)的非肽抑制剂。 |
DB00421 |
-8.98 |
Spironolactone |
具有抗雄激素活性 |
DB11275 |
-8.9 |
Epicriptine |
具有多巴胺受体的激动作用 |
DB00696 |
-8.81 |
Ergotamine |
它是一种α-1选择性肾上腺素能激动剂,常用于偏头痛的治疗。 |
DB06595 |
-8.81 |
Midostaurin |
一种多靶点激酶抑制剂,用于治疗新诊断的急性髓系白血病(AML)成年患者 |
DB01126 |
-8.78 |
Dutasteride |
治疗良性前列腺增生(BPH) |
DB11581 |
-8.76 |
Venetoclax |
用于治疗慢性淋巴细胞白血病(CLL)和某些类型的小淋巴细胞淋巴瘤 |
DB08871 |
-8.74 |
Eribulin |
一种微管抑制剂,用于治疗转移性乳腺癌患者 |
DB00390 |
-8.73 |
Digoxin |
地高辛是目前使用的最古老的心血管药物之一。 |
DB09074 |
-8.72 |
Olaparib |
多聚(ADP-核糖)聚合酶(PARP)酶的抑制剂,包括PARP1、PARP2和PARP3。 |
DB11691 |
-8.72 |
Naldemedine |
治疗便秘,是一种阿片受体拮抗剂 |
DB00762 |
-8.71 |
Irinotecan |
是一种主要用于结直肠癌治疗的抗肿瘤酶抑制剂。 |
对前10名结果用pymol作图,如下:
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Souce: 纽普生物 2020-02-02