芯片筛到了一个分子、老板拍脑袋想到了一个分子、师兄／师姐给我留了一个分子、文献中看到了一个亮点分子、数据库中有个分子也不错······那么问题来了，接下来该怎么办呢？接下来这篇就是关于怎么开启科研之旅的小文，写给刚进入实验室还没有头绪的小伙伴。

1可行性分析

首先要看这个分子是不是具有研究潜力，是不是跟肿瘤的发生发展有关。最简单的方法，一是查文献报道，二是在数据库中查找，看这个基因是不是在肿瘤中有差异表达。

2排他性查询

首先要看一下这个分子是不是已经被报道过，如果没有报道过，那么恭喜你，你已经通过了第一关。如果已经有报道，要分析，都报道了什么，找出没有报道的点。比如这个分子被报道影响乳腺癌增殖，那你可以考虑其他肿瘤的增殖方向或者其他表型如迁移、耐药等。

3准备研究工具

要研究一个基因的功能，最常用的方法就是改变这个基因在胞内的表达，看一下细胞表型是否收到变化，常见是敲减、过表达、突变，都可以通过构建相应的载体（也可以购买商业化的克隆），转染目标细胞，实现相应的基因编辑。

4确认研究表型

这一步，你需要确定这个基因对肿瘤的什么功能有影响。功能表型研究有很多，常见如增殖、转移、耐药，还有难度高一点的血管形成，能量代谢balabala。以增殖为例：通过转染siRNA或能产生siRNA的载体，用CCK8、MTT等方法检测细胞的增殖速度是否发生了变化。

如果有，恭喜你可以进入下一关；如果没有，请试一下转移、耐药等方向，或者，换一个分子！

5增加实验证据

单单一个CCK8或是MTT实验，不足以说明这个基因对肿瘤增殖的影响，还需要补充一些实验，常见的是细胞周期、细胞凋亡，通常还要检测一些增殖相关的标记分子，如Ki67、p-Akt、PCNA。通常需要做2个以上细胞株。

到这里，如果获得的数据都是有效的，要发个1分的小SCI基本不成问题了。加上临床样本的检测，2分也不是难事。当然我相信大家的追求不会止于此，咱们都是追求CNS级别的人（至少幻想过CNS级别的）！那就继续！

6体内模型

体内体外是完全不同的两个环境，要追求质量，动物模型的实验是必须的。肿瘤研究最常用是裸鼠、小鼠模型，伟大的研究者们运用强大的基因编辑技术，在这些普通的模型上建立了具有特定表型的转基因动物模型（如MMTV-PyMT转基因小鼠，可自发性产生乳腺癌）。

7分子作用机制研究

首先要找到与表型挂钩的下游分子，比如增殖相关Akt、p53、MAPK等信号通路。

How？

保（穷）守（逼）一点，就是经典的几个通路，一个一个试；奔（土）放（豪）一点的，直接上基因/蛋白芯片进行通路筛选。

接着要找到这个分子对这个信号通路调节的方式，如直接调控的分子（酵母双杂、免疫沉淀可以筛选有蛋白相互结合作用的分子，ChIP、RIP可以筛选与蛋白相互结合的DNA、RNA）。

8临床意义

最后，在大量临床样本中验证目标分子的表达（这个，也可以在第一步就做了。再PS一下，样本量越大越有意义，差异约显著价值越高）。还要（最好）检测一下目标分子调节的下游分子在临床组织中是不是也受到了目标分子的调控。都做到最后这一步了，成功指日可待！你还怕辛苦么？！

别看6、7、8点说起来轻松，做起来可是烧钱更烧脑的事情。

来源：解螺旋

2016-06-16