1. 蛋白质修饰如糖基化会不会影响蛋白结晶？
在蛋白结晶过程中，糖基化一般被认为会影响蛋白的均一性和表面熵，从而阻碍蛋白结晶。但是也有实验表明糖基化不会影响蛋白质结晶（10.1021/cg7006843），应该无差别对待。如果糖基化蛋白不能形成晶体，那么就应该尝试将糖链给去掉。有好几种方法可以去掉糖侧链：1）先用PNGase去掉所有的N-连接的糖；2）然后再用内切糖苷酶，如Endo F1, F3, Endo H这些进行消化，它们会在Asn残基上留下一个GlcNAc；3）如果内切糖苷酶不起作用，那么再试试用外切糖苷酶，如唾液酸酶，半乳糖苷酶，己糖胺酶和甘露糖苷酶这些。
2. 蛋白质变性/复性会不会影响蛋白结晶？
没有证据表明包涵体蛋白通过变复性之后会增加蛋白结晶的难度。唯一的挑战是蛋白的复性过程，特别是针对膜蛋白，期间可能要尝试多种去垢剂（价格昂贵）。复性后得到的可溶蛋白需要满足以下几个条件，才有可能长出晶体：
蛋白的均一性要好（化学均一性、构象均一性），这个可以通过动态光散射进行测定（DLS）
溶解性要好，蛋白浓度尽量高（8-30mg/ml）
3. 大的融合标签（如MBP,GST,TRX）会不会影响蛋白结晶和结构？
常用的几种蛋白融合标签如MBP,GST,TRX常常用来提高蛋白表达量，提高蛋白可溶性，防止蛋白降解，促进蛋白折叠及便于蛋白亲和纯化。但是这些标签的引入常常会导致蛋白不均一，从而阻碍晶体形成。但是也有文献表明，这些融合标签的存在会促进晶体形成。所以通常情况下，会把融合标签去掉；如果去掉之后不能形成结晶，可以尝试带上融合标签。至于融合标签会不会影响蛋白结构，这个因蛋白/标签不同而异。最简单的方式是对融合蛋白进行功能/活性测定，如果功能和活性保留，那么可以认为融合标签对结构的影响不是十分显著，毕竟我们研究蛋白结构的目的主要还是为了从结构上解释功能。
Souce: 纽普生物 2017-12-29