纽普生物

蛋白质固有无序区域预测

关于蛋白质的结构和功能,一般认为序列决定结构,结构决定功能,这里的结构,传统观念上一般指有序的三维结构。但近50多年来,研究人员不断地发现一类新的蛋白质,它们没有明确的三维结构却具有特定生物学功能,具有无序区域的蛋白称为固有无序蛋白(IDPs)或者固有无序蛋白区域(IDRs)。无序蛋白中的无序区域由于缺少与其它蛋白,配体或细胞内环境的相互作用,因此无法折叠成稳定的三维结构。尤其是最近相变频繁登上CNS主刊,越来越多认识到IDRs在相变中的重要作用。IDRs的存在,使得蛋白更容易形成液滴状,诱发相变生成和调控的发生。预测固有无序蛋白区域对于重组蛋白的序列设计也有重要的指导作用。

1. 蛋白质序列:

全长:0



无序区与二级结构中的Loop/coil有什么关系?

Loops/coils不见得是无序区,但是无序区一定是Loops/coils。

结果如何解读

分值越高代表该位置为无序区的概率越大,0.5作为是否为无序区的分界线。

参考文献

  • Bálint Mészáros, Gábor Erdős, Zsuzsanna Dosztányi, IUPred2A: context-dependent prediction of protein disorder as a function of redox state and protein binding, Nucleic Acids Research, Volume 46, Issue W1, 2 July 2018, Pages W329–W337
  • Linding R, Jensen LJ, Diella F, Bork P, Gibson TJ, Russell RB. Protein disorder prediction: implications for structural proteomics. Structure. 2003;11(11):1453-9