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双序列比对(全局比对)

所谓全局比对是指将参与比对的两条序列里面的所有字符进行比对。全局比对在全局范围内对两条序列进行比对打分,找出最佳比对,主要被用来寻找关系密切的序列。其可以用来鉴别或证明新序列与已知序列家族的同源性,是进行分子进化分析的重要前提。其代表是Needleman-Wunsch算法。

1. 输入2条FASTA格式序列(蛋白/核酸,最多100条,不超过1MB):

序列条数:0

字符长度:0

双序列比对

双序列比对是指对两条序列M和N进行比对,找到其相似性关系,这种寻找生物序列相似性关系的过程被称为双序列比对。其算法可以主要分成基于全局比对的Needleman-Wunsch算法和基于局部比对的Smith-Waterman局部比对算法。

多序列比对

多序列比对是双序列比对推广,即把两个以上字符序列对齐,逐列比较其字符的异同,使得每一列字符尽可能一致,以发现其共同的结构特征的方法称为多序列比对。多序列比对算法可以分成渐进法和同步法。其可以发现不同的序列之间的相似部分,从而推断它们在结构和功能上的相似关系,主要用于分子进化关系,预测蛋白质的二级结构和三级结构、估计蛋白质折叠类型的总数,基因组序列分析等。