纽普生物

寡核苷酸(引物)计算器

该工具计算寡核苷酸的退火温度(Tm),分子量 (MW), 消光系数(OD/μmol, μg/OD)。

请在下面的文本框中输入寡核苷酸的序列.

1. 寡核苷酸的序列:

全长:0

2. 选择修饰: 5'-       3'-



核酸在260 nm的消光系数

该计算工具基于近邻模型及文献报道的参数1,2. 详细参数可以参见下表,这些参数是在260nm、中性pH条件下获得的。计算得到的消光系数误差在4%左右(260nm,中性pH条件下).

DNA和RNA寡聚核苷酸的消光系数 [liter/(mol.cm)].

DNA RNA
核苷酸 消光系数 核苷酸 消光系数
pdA 15400 pA 15400
pdC 7400 pC 7200
pdG 11500 pG 11500
pdT 8700 pU 9900
dApdA 27400 ApA 27400
dApdC 21200 ApC 21000
dApdG 25000 ApG 25000
dApdT 22800 ApU 24000
dCpdA 21200 CpA 21000
dCpdC 14600 CpC 14200
dCpdG 18000 CpG 17800
dCpdT 15200 CpU 16200
dGpdA 25200 GpA 25200
dGpdC 17600 GpC 17400
dGpdG 21600 GpG 21600
dGpdT 20000 GpU 21200
dTpdA 23400 UpA 24600
dTpdC 16200 UpC 17200
dTpdG 19000 UpG 20000
dTpdT 16800 UpU 19600

消光系数通常用来计算核酸分子的浓度(Lambert-Beer law)

浓度(mol/l) = A260nm/(ε * pathlength(cm))

退火温度(Tm) 的计算

对于长度小于14nt的oligo来说,计算公式:3: Tm = (nA + nT)*2 + (nG + nC)*4

对于长度大于13nt的oligo来说,计算公式:Tm= 64.9 +41*(nG + nC - 16.4)/(nA + nT + nG + nC)

公式中n为序列中A,T,C,G各自的数量.

分子量的计算

DNA 分子量 (这里特指合成的DNA引物. 计算过程中假定5'没有单磷酸)

分子量 = (An x 313.21) + (Tn x 304.2) + (Cn x 289.18) + (Gn x 329.21) - 61.96

An, Tn, Cn, 和 Gn 分别是A,T,C,G的数量

References

  • 1. Cantor C.R., Warshaw M.M., and Shapiro H. (1970) Oligonucleotide interactions. III. Circular dichroism studies of the conformation of deoxyoligonucleotides, Biopolymers 9, 1059-1077.
  • 2. Fasman, G.D. (Ed.) (1975) Handbook of Biochemistry and Molecular Biology, Volume 1: Nucleic Acids, pp 589, 3rd edition, CRC Press.
  • 3. MARMUR J, DOTY P. Determination of the base composition of deoxyribonucleic acid from its thermal denaturation temperature. J Mol Biol. 1962
  • 4. Wallace,R.B., Shaffer,J., Murphy,R.F., Bonner,J., Hirose,T., and Itakura,K. (1979) Nucleic Acids Res 6:3543-3557