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蛋白质消光系数计算器

Stanley C. Gill 和 Peter H. von Hippel提供了一种精确计算蛋白在280nm波长下摩尔消光系数的方法(绝大多数情况下,误差±5% ),该方法仅需要提供蛋白质氨基酸序列即可3.

该工具计算蛋白质的摩尔消光系数和蛋白浓度,请在下面的文本框中输入蛋白氨基酸序列。

1. 输入氨基酸序列 (非FASTA格式):

全长:0

2. 280 nm吸光值(A280nm):



吸光值A和摩尔消光系数ε

摩尔消光系数(Molar Extinction Coefficient)也称摩尔吸光系数(Molar Absorption Coefficient),是指物质对某波长的光的吸收能力的量度,以符号“ε”表示。摩尔消光系数(Molar Extinction Coefficient),是指浓度为1摩尔/升时的吸光系数。ε值的大小反映吸收介质对光吸收的程度,对在可见光区有选择性吸收的介质来说表示某一显色反应灵敏度的大小,对同一被测元素而言,ε值越大,该显色反应越灵敏,对同一显色反应而言,ε值与测量浓度有关。通常所说的摩尔吸光系数,指的是在最大吸收波长时的摩尔吸光系数。摩尔吸光系数的大小与待测物、溶剂的性质及光的波长有关。待测物不同,则摩尔吸光系数也不同,所以,摩尔吸光系数可作为物质的特征常数。溶剂不同时,同一物质的摩尔吸光系数也不同,因此,在说明摩尔吸光系数时,应注明溶剂。光的波长不同,其吸光系数也不同。当吸光物质的浓度为1mol/L,吸收池厚为1cm,以一定波长的光通过时,所引起的吸光度值A。

Aλ = εcL = εc, 当 L = 1cm 时,c为蛋白浓度.

蛋白或者多肽的摩尔消光系数与色氨酸,酪氨酸和半胱氨酸的组成比例有关。在280nm波长下,摩尔消光系数大致为上述三种氨基酸的摩尔消光系数的加和:

εmolar = (nW * 5500) + (nY * 1490) + (nC * 125)

n表示对应残基的数量.

根据Lambert-Beer定律,我们可以得出下面的方程:

c = A / εL, 当 L=1cm时, c = A / ε.

根据上面的方程我们可以计算蛋白的浓度.

A×蛋白分子量/εmolar=蛋白浓度,单位: mg/ml

大多数哺乳动物的抗体(比如免疫球蛋白)的消光系数大约为210000M-1cm-1. 对于一个典型的IgG,其分子量MW = 150,000, 浓度就可以简单的这样计算:A/1.4 mg/ml,对BSA而言计算公式为:A/0.66 mg/ml (MW=66400, εmolar=43824M-1cm-1)

参考文献

  • 1. Lange’s Handbook of Chemistry, 14th Edition, Dean, J.A., Ed. (1992). McGraw-Hill, Inc., New York.
  • 2. Handbook of Chemistry and Physics, 56th Edition, Weast, R.C., Ed. (1975). CRC Press, Cleveland.
  • 3. Gill, S.C. and von Hippel, P.H. (1989). Calculation of protein extinction coefficients from amino acid sequence data. Anal. Biochem. 182:319-26.
  • 4. Pace, C.N., et al. (1995). How to measure and predict the molar absorption coefficient of a protein. Protein Sci. 4:2411-23.
  • 5. Practical Handbook of Biochemistry and Molecular Biology, Fasman, D.G., Ed. (1992). CRC Press, Boston.