纽普生物

双序列比对(局部比对)

局部比对:与全局比对不同,局部比对不必对两个完整的序列进行比对,而是在每个序列中使用某些局部区域片段进行比对。其产生的需求在于、人们发现有的蛋白序列虽然在序列整体上表现出较大的差异性,但是在某些局部区域能独立的发挥相同的功能,序列相当保守。这时候依靠全局比对明显不能得到这些局部相似序列的。其次,在真核生物的基因中,内含子片段表现出了极大变异性,外显子区域却较为保守,这时候全局比对表现出了其局限性,无法找出这些局部相似性序列。其代表是Smith-Waterman局部比对算法。

1. 输入2条FASTA格式序列(蛋白/核酸,最多100条,不超过1MB):

序列条数:0

字符长度:0

双序列比对

双序列比对是指对两条序列M和N进行比对,找到其相似性关系,这种寻找生物序列相似性关系的过程被称为双序列比对。其算法可以主要分成基于全局比对的Needleman-Wunsch算法和基于局部比对的Smith-Waterman局部比对算法。

多序列比对

多序列比对是双序列比对推广,即把两个以上字符序列对齐,逐列比较其字符的异同,使得每一列字符尽可能一致,以发现其共同的结构特征的方法称为多序列比对。多序列比对算法可以分成渐进法和同步法。其可以发现不同的序列之间的相似部分,从而推断它们在结构和功能上的相似关系,主要用于分子进化关系,预测蛋白质的二级结构和三级结构、估计蛋白质折叠类型的总数,基因组序列分析等。