低丰度核酸反转录及扩增实验

1.  用过氧化物酶,蛋白酶K和DNA酶预处理载玻片。

2.  配置如下一步反应体系(总体积100 μl)


(1)0.5 μl 100 μmol/l 正向引物(终浓度0.5 μmol/l)

(2)0.5 μl 100 μmol/l 反向引物(终浓度0.5 μmol/l)

(3)6 μl 3 mmol/l 4dNTP混合物(终浓度0.12 mmol/l)

(4)2 μl 10 mmol/l MnCl 2 (终浓度0.2 mmol/l)

(5)10 μl 25 mmol/l MgCl 2 (终浓度2.5 mmol/l)

(6)2 μl 10×rTth 转录缓冲液(终浓度0.2×)

(7)8 μl 10×螯合缓冲液(终浓度0.8×)

(8)10 μl 1.7 mg/ml BSA(终浓度0.17 mg/ml)

(9)2 μl 2.5 U/ml rTth DNA聚合酶(终浓度9.05 U/ml)

(10)29 μl DEPC处理过的水
3.  用20 μl 吸头加8 μl(如用3孔载玻片)或12~20 μl (如用单孔载玻片)原位PCR扩增体系于各孔上,该液体覆盖整个孔表面。

4.  放20 mm×60 mm 盖玻片于每一载玻片上,小心用指甲油封住盖玻片边缘。
5.  在92℃加热块上,温育玻片90 s。然后转至热循环仪。

6.  用步骤2所配一步反应体系代替原位PCR反应体系。

7.  按如下温度循环程序进行反转录:

(1)1个循环:15 min,70℃

(2)3 min,92℃

(3)15 min,70℃

(4)3 min,92℃

(5)15 min,70℃

8.  按如下温度循环程序进行原位PCR:

(1)29个循环:1 min,93℃(变性)

(2)1 min,53℃(退火)

(3)1 min,72℃(延伸)

(4)最后一步:不定,4℃(维持)

9.  由热循环仪上取下载玻片,浸于100%乙醇中≥5 min 溶解指甲油,用剃须刀或其他小刀橇开盖玻片,刮去残留的指甲油,以便在杂交/检测步骤中能平放上新的盖玻片。

10.  在92℃加热块上温育玻片1 min,然后于室温下用2×SSC浸泡5 min。玻片在4℃可存敢2~3周。

2014-12-12