芽孢染色法是利用细菌的芽孢和菌体对染料的亲合力不同的原理，用不同染料进行着色，使芽孢和菌体呈不同的颜色而便于区别。芽孢壁厚、透性低，着色、脱色均较困难，因此，当先用一弱碱性染料，如孔雀绿（malachitegreen）或碱性品红（basicfuchsin）在加热条件下进行染色时，此染料不仅可以进入菌体，而且也可以进入芽孢，进入菌体的染料可经水洗脱色，而进入芽孢的染料则难以透出，若再用复染液（如番红液）或衬托溶液（如黑色素溶液）处理，则菌体和芽孢易于区分。
一、方法1
1. 将培养24小时左右的枯草芽孢杆菌或其他芽孢杆菌，作涂片、干燥、固定。
2. 滴加3~5滴孔雀绿染液于已固定的涂片上。
3. 用木夹夹住载玻片在火焰上加热，使染液冒蒸汽但勿沸腾，切忌使染液蒸干，必要时可添加少许染液。加热时间从染液冒蒸汽时开始计算约4~5分
钟。这一步也可不加热，改用饱和的孔雀绿水溶液（约7.6%）染10分钟。
4. 倾去染液，待玻片冷却后水洗至孔雀绿不再褪色为止。
5. 用番红水溶液复染1分钟，水洗。
6. 待干燥后，置油镜观察，芽孢呈绿色，菌体呈红色。
二、方法2
1. 取二支洁净的小试管，分别加入0.2 ml 无菌水，再往一管中加入1~2接种环的蜡状芽孢杆菌的菌苔，另一管中加入1~2接种环的生孢梭菌的菌苔，两管各自充分混合成浓厚的菌悬液。
2. 在菌悬液中分别加入0.2 ml 苯酚品红溶液，充分混合后，于沸水浴中加热3~5分钟。
3. 用接种环分别取上述混合液2~3环于两片载玻片上，涂薄，风干后，将载玻片稍倾斜于烧杯上，用95%乙醇冲洗至无红色液流出。
4. 再用自来水冲洗，滤纸吸干。
5. 取1~2接种环黑色素溶液于涂片处，立即展开涂薄，自然干燥后，油镜观察，在淡紫灰色背景的衬托下，菌体为白色，菌体内的芽孢为红色。