1. 将DNA溶于pH8.0的1×TE缓冲液，终浓度为10 mg/ml。于4℃搅拌过夜。
2. 用一个大的超声探头，在75%的满功率下超声处理DNA 30 s，以降低DNA溶液的粘度。取1 μg DNA在0.8%琼脂糖凝胶上电泳，检查超声剪切后片段大小的分布。如有必要，可重复超声处理，直到获得适当的片段大小分布。片段大小范围在2~15 kb 之间，平均大小约为7 kb 是合适的。
3. 用缓冲液平衡酚抽提1次，酚/氯仿抽提1次，最后用氯仿抽提1次。
4. 加入1/10体积的3 mol/l，pH5.2的乙酸钠缓冲液，2.5体积的冰冷的100%乙醇沉淀DNA。
5. DNA沉淀用2×TE缓冲液重悬，最终浓度10 mg/ml。
6. 将担体DNA移至一个Pyrex耐热玻璃烧瓶中，在微波炉中加热煮沸2~3 min。
7. 迅速置冰浴中冷却，用无菌试管等量分装后于-20℃冻存DNA。