1. 将已解剖的器官或胚胎置于写有标签的20 ml 螺口玻璃小瓶中（经硅烷化处理的玻璃瓶专用于小量样品的处理），如入4℃新鲜配制的4%PFA，置4℃固定至所需时间止。
2. 于60℃烘箱中熔化石蜡。
3. 固定完成后，倒去固定液（注意勿丢失样品），以50%乙醇替代。然后立即换新鲜的乙醇，在50%乙醇中脱水3次，室温放置每次20 min。继而以70%乙醇脱水3 次，室温每次20 min。（样品于70%乙醇中在4℃可存数日）。
4. 室温下，置样品于95%乙醇2次，毎次20 min。
5. 室温下，置样品于100%乙醇2次，每次20 min。
6. 以二甲苯换去100%乙醇，然后立即换以新鲜二甲苯，在二甲苯中放置2次，每次10 min。
7. 倒去二甲苯并加5 新鲜的二甲苯于每个盛样品的小瓶中，用一热的玻璃吸管加等量的已熔化石蜡（操作要快，防止凝结），混匀，置样品于室温过夜。
8. 置样品瓶于60℃温箱中熔化混合的石蜡/二甲苯。准备1个60℃加热块，其上的孔可放进20 ml 的样品瓶，当石蜡/二甲苯混合物熔化后，将瓶移至加热块上。
9. 将石蜡/二甲苯混合液倒于废液瓶中，立即以热的玻璃吸管加入新熔化的石蜡。将样品瓶放回加热块中。重复此步骤，逐一完成每一样品。将样品瓶放回60℃温箱中，温育1 h。
10. 从温箱中取出样品瓶，再放回60℃加热块中，重复步骤9二次，总温育时间为3 h。
11. 按制造商使用说明，准备好包埋模具（如进行硅烷化喷涂），用一热的玻璃吸管加熔化的石蜡于模具中，再用一热镊子或截去末端的毛细吸管马上将样品移至充满石蜡的模具中。
12. 置一包埋提环于模具上并加石蜡，提环上写明标签以便将来识别样品。可用一热的拉长并封口的吸管调整模具内样品位置，将模块放室温使其完全凝结。
13. 从包埋模具中取出蜡块，放在室温干燥处，切片。
注意事项
1. 二甲苯为毒性有机溶剂，步骤6、7应在通风橱中进行。
2. 第九步操作要快，以防石蜡凝结，如发生凝结，则应于开始1 h温育前重新于60℃熔化石蜡。