滤菌器由孔径极小，能阻挡细菌通过的陶瓷，硅藻土，石棉或玻璃细纱等制成。种类较多，但常用者为蔡氏（Seitz）滤菌器，由金属漏斗和嵌在其中的石棉滤板组成。各种滤板的滤孔大小不同，EK 板滤孔较小，（EK 为Eatkeimurkg 之缩写，意为无菌）常用以除去一般细菌。

将石棉滤板装入漏斗，用牛皮纸包扎后与滤瓶均高压灭菌，于使用时，打开包纸取出滤菌器，装在滤瓶上，将滤瓶的倒管与抽气机的抽气橡皮管相连。倒入被滤液体，开动抽气机。滤毕，关闭抽气机。先将抽气橡皮管从滤瓶侧管处拔下，再打开滤瓶的橡皮塞，迅速用无菌技术取出滤液，放置于无菌玻璃瓶或试管中。

此法适用于除去糖溶液，血清，培养基，药物等不耐热液体中的细菌，亦可用于细菌和病毒或噬菌体的分离，以及细菌与外毒素的分离。