在pH值为8.0~8.3时，核酸分子碱基几乎不解离，磷酸全部解离，核酸分子带负电，在电泳时向正极移动。采用适当浓度的凝胶介质作为电泳支持物，在分子筛的作用下，使分子大小和构象不同的核酸分子泳动率出现较大的差异，从而达到分离核酸片段检测其大小的目的。核酸分子中嵌入荧光染料（如EB）后，在紫外灯下可观察到核酸片段所在的位置。
1. 取10 μl DNA于0.8% 凝胶检测；
2. 将DNA调节浓度至300-400 ng/
μl ；3. 仔细阅读将所用的任何一种酶产品说明书，熟悉反应条件及酶切的贮存浓度（10U-50 U/ μl ）厂家配套试剂；
4. 计算据反应条件所需要的各种试剂准确用量：（0.5 ml tube中）
DNA(3-5 mM) 10 μl
buffer reaction ´10 1.5 μl
Enzyme (15 U/ μl ) 0.8 μl （冰上）
ddH 2 O 2.7 μl
混匀，短暂离心；
5. 37 ℃ 温浴1-2 hrs (纯DNA) 或10 hrs（粗制DNA）；
6. 加入上样缓冲液终止酶切反应，也可65 ℃加热10 min使酶变性失活；
7. 电泳检测酶切效率：
每个样品取1/10量用琼脂糖电泳检测，制胶及点样方法同上。