1. 离子交换凝胶的选择依据：
（1）根据蛋白质的pH只稳定范围。蛋白质在等电点pI以上pH稳定时选择阴离子交换凝胶介质，在pI以下pH的稳定时，则选用阳离子交换凝胶介质。
（2）根据特分离蛋白质的分子大小。分子量在10 000~100 000 0 Da 的蛋白，选用如DEAE-Sephacel和DEAE-Sepharose样凝胶；更大的分子，用Sephadex A-25或C-25。
2. 柱子大小取决于听用凝胶的结合容量，使用最频繁的是1 cm、2 cm、2.5 cm 直径，柱长通常少于之20 cm 对成分复杂的样品，用更大的柱子，
3. 有商品供应的预装的FPLC离子交换柱可用。它们是Pharmacia的mono-Q（阴离子）和Mono-Q（阳离子）柱，有三种大小尺寸：0.5 mm×5 cm（25 m样品）、1 cm×10 cm（200 mg 样品）和 1.6 cm×10 cm（500 mg 样品）。