1.  进行预实验确定最佳的水解条件。准备四个反应混合物：

（1）反应1：20 μg 溶解在70%甲酸中的融合蛋白。

（2）反应2：20 μg 溶解在70%甲酸/6 mol/l 盐酸胍中的融合蛋白。

（3）反应3：20 μg 溶解在13%乙酸中的融合蛋白。

（4）反应4：20 μg 溶解在13%乙酸/6 mol/l 盐酸胍中的融合蛋白。

（5）将所有样本置37℃下温育反应。

2.  分别在0、24、48和72 h 的反应时刻，从各反应混合物中取5 μl 冻干。

3.  将冻干的蛋白重悬于20 μl 1×SDS样品缓冲液，逐滴加入0.1 mol/l Tris 碱中和至样品颜色由黄变蓝。用SDS-聚丙烯酰胺凝胶电泳分析样品的消化程度。

4.  选择达到预定裂解程度的最温和条件及最短温育反应时间，据此按比例扩大反应以裂解更大量的融合蛋白。