根据凋亡细胞固有的形态特征，人们已经设计了许多不同的细胞凋亡形态学检测方法。
一、光学显微镜和倒置显微镜
1. 未染色细胞
凋亡细胞的体积变小、变形，细胞膜完整但出现发泡现象，细胞凋亡晚期可见凋亡小体。
贴壁细胞出现皱缩、变圆、脱落。
2. 染色细胞
常用姬姆萨染色、瑞氏染色等。凋亡细胞的染色质浓缩、边缘化，核膜裂解、染色质分割成块状和凋亡小体等典型的凋亡形态。
常用姬姆萨染色、瑞氏染色等。凋亡细胞的染色质浓缩、边缘化，核膜裂解、染色质分割成块状和凋亡小体等典型的凋亡形态。
二、荧光显微镜和共聚焦激光扫描显微镜
一般以细胞核染色质的形态学改变为指标来评判细胞凋亡的进展情况。
常用的DNA 特异性染料有：HO 33342 (Hoechst 33342)，HO 33258 (Hoechst33258), DAPI。三种染料与 DNA 的结合是非嵌入式的，主要结合在DNA 的A-T碱基区。紫外光激发时发射明亮的蓝色荧光。
Hoechst 是与DNA 特异结合的活性染料，储存液用蒸馏水配成1 mg/ml 的浓度，使用时用PBS 稀释成终浓度为2~5 mg/ml。
DAPI 为半通透性，用于常规固定细胞的染色。储存液用蒸馏水配成1 mg/ml的浓度，使用终浓度一般为0.5 ~1 mg/ml。
结果评判：细胞凋亡过程中细胞核染色质的形态学改变分为三期：Ⅰ期的细胞核呈波纹状（rippled）或呈折缝样（creased），部分染色质出现浓缩状态；Ⅱa 期细胞核的染色质高度凝聚、边缘化；Ⅱb 期的细胞核裂解为碎块，产生凋亡小体。
三、透射电子显微镜观察
结果评判：凋亡细胞体积变小，细胞质浓缩。凋亡Ⅰ期（pro-apoptosisnuclei）的细胞核内染色质高度盘绕，出现许多称为气穴现象（cavitations）的空泡结构；Ⅱa 期细胞核的染色质高度凝聚、边缘化；细胞凋亡的晚期，细胞核裂解为碎块，产生凋亡小体。