细胞层（buffy coat）或另一种混合细胞悬液同与抗体连接的微珠混合，稀释后放人一个磁性分离柱中。与微珠结合的细胞会贴到柱子的侧壁上，而未结合磁珠的细胞则流过柱子。将分离柱从磁场移开，结合微珠的细胞就从柱子上释放，用针栓从柱中收集。
一、标记
1. 标准方法分离外周血单核细胞或经酶消化法及其他方法制备的细胞悬液。
2. 用 Ficoll-Paque 去除死细胞。
3. 用 30 μm 尼龙网筛或滤膜（Myltenyi，# 414: 07）过滤细胞去除细胞团块 （滤膜应用前用缓冲液湿润）。
4. 缓冲液（D-PBS，pH 7.2 ，含 0.5 % BSA 和 2 mmol/L EDTA）洗涤细胞，离心。
5. 重新悬浮离心细胞，每 10 7 个细胞悬浮于 80 μl 缓冲液（80 μl 为最低限量，即使总细胞数低于 10 7 个）。
6. 按每 10 7 个细胞加微珠标记液 20 μl。
7. 混匀，6~12℃ 孵育 15 min (对于更少的细胞，用同样体积的微珠标记液）。
8. 加入 10~20 倍于标记液体积的缓冲液稀释细胞。
9. 300 g 离心 10 min。
10. 去上清，按每 10 8 个细胞加缓冲液 500 μl 重新悬浮结合了微珠的细胞。
二、阳性磁性分离
11. 将分离柱放入 MACS 分离器（MiniMACS、MidiMACS、VarioMMMACS，或 SuperMACS（Miltenyi））的磁性区。
12. 洗柱：MS ＋ / RS ＋ 500 μl； LS ＋ / VS ＋ 3 ml。
13. 将细胞悬液加人分离柱中：MS ＋ / RS ＋ 500~1000 μl； LS ＋ / VS ＋ 1~10 ml。
14. 让阴性细胞流过分离柱。
15. 用缓冲液淋洗柱子： MS ＋ / RS ＋ 3×500 μl； LS ＋ / VS ＋ 3×3 ml。
16. 将分离柱从分离器中取出放置在收集管上。
17. 用吸管加适量缓冲液于柱中（MS ＋ / RS ＋ 1 ml； LS ＋ / VS ＋ 5 ml），推动针管式活塞洗脱阳性标记细胞。
18. 细胞计数，用生长培养基调整浓度。
(a)原代培养调整为1×10 5 ~1×10 6 /ml，接种于培养瓶中；
(b)克隆培养调整为 10~1000 /ml，接种于培养皿。