今天和大家聊一聊关于microRNA名字的那些事儿。

有的老师从课题组接手或从公共数据库比如GEO里得到了一些microRNA的数据，却发现很多microRNA的名称在现在的miRBase数据库里显示有了变化。

那么这样就对我们使用一些数据库比如预测靶基因等带来了烦恼：我们不知道应该用哪些名字才能被对方所识别，以及这些名字后面代表的具体含义是什么。

比如有这样一条microRNA，它的曾用名是hsa-miR-199a*，而现在的名字是hsa-miR-199a-3p，这是为什么呢？

这要从microRNA的形成机制说起了，看下图：

我们可以看到，在microRNA形成的过程中，是一个“茎-环”前体把那个“环”结构切除以后就剩下了一个“茎”，而这个“茎”本身呢？又是一个双链结构，因此它的每一个单链都会形成一个成熟的microRNA，也就是说一个microRNA前体最多可以形成两条microRNA的。

过去，研究者们就根据这两条同一来源的microRNA的表达量高低不同来分别命名，比如表达量高的那一条老老实实就叫做miR-xxx，而表达量低的那一条呢？对不起了，要区别对待，就在后面加了一个星号也就是miR-xxx*了。

类似地，还有人在名字后面用“-s”和“-as”来进行区分。

但是我们知道，表达量的高低不是那么好确定的，除去实验误差不说，往往在一个组织里microRNA有星号的那个表达量很低，到了另一个组织里它就变得高表达了。因此这种命名法实际上是不科学的。

为了解决这一问题，从miRBase17.0版开始，就对成熟体microRNA的名字进行了改变，规定不管表达量如何，产生自“茎-环”结构5`端那个的就在名字后面加上一个“-5p”，对应地，另一条就是后缀为“-3p”的了。

因此，我们现在知道了hsa-miR-199a*现在的名字为什么是hsa-miR-199a-3p了。

需要特别提出的是，不是每一个“茎-环”结构的microRNA前体都会产生两个成熟体microRNA的，如果只产生一个产物，那它的名字后面就什么也不添加了。

最后，如果大家想追踪某一条microRNA的名称变化，可以到这个网站去查询，网址是http://www.mirbasetracker.org/。

这个网站收集了miRBase的历史版本内名称的变迁，比如我们在“miRNA history”里去输入我们刚才要查询那个名字，得到结果如下：

我们可以看到，在miRBase3.0版时记录了这条microRNA，但直到6.0版才有了具体的成熟体序列信息，而在第10.0版本时它的名字就发生了变化。

如果我们有一批microRNA名称，比如来自很久以前我们的师兄师姐做过的一批microRNA芯片数据，我们想知道它们现在的名称是什么，可以使用这个数据库的“miRNAupdate”选项，然后把我们的名称列表文件上传提交，就可以得到结果啦。

这个数据库网站的最后一个功能是提供了任意两个miRBase版本间的比较，这样可以让我们快速评估数据。

比如我们手里有一组数据来源于miRBase12.0版本为基础的人的microRNA芯片结果，现在我们想知道与现在相比有了哪些变化，可以快速地选择12.0和21.0版本间的比较，结果如下图：

可以看到，变化还是非常非常大的，如果我们要研究的那个microRNA名字属于【changed】的那509个microRNA之一，我们就很有必要看看它具体发生了哪些变化了。

最后，很多同学们看文献会发现，很多文献会用到一个叫做PicTar的micorRNA靶基因预测工具，而实际上这个工具从2007年起就没有更新过它的数据库了，里面收录的microRNA全部来自miRBase 10.0版，时至今日很多那时的microRNA都已被移除或者序列发生了变化，这时这个工具显然就不适用了，更何况，它的结果还是那么少呢！

来源：解螺旋，医生科研助手

2016-05-13