师妹：师兄，我想建个树。

师兄：啥树啊！你家的family tree啊？

师妹：师兄，你不要调戏我，我就建一个简单的进化树！这个怎么做啊？

简单呀，你可以用MEGA，先去MEGA官网（http://www.megasoftware.net/）下载这个软件，免费的啊。MEGA（Molecular Evolutionary Genetics Analysis ）是一个功能非常强大的分子进化遗传分析软件，可用于序列比对、进化树的推断、估计分子进化速度、验证进化假说等。下面师兄给你详细介绍如何利用Mega软件构建进化树。

1.首先将需要进行建树的序列保存为fasta格式，并将文件扩展名改为.fasta。

.fasta序列格式以“>”开头。“>”后面这一行写名称，回车，下一行写序列，氨基酸序列类似，所有序列保存在一个txt文件中。例如：

>gene1/speciesname NCBI accession number

ATCGGCGTAGCTAGATGCTAGTATCGTA

>gene1/speciesname NCBI accession number

AGTAGCTAGTGATGTA

2. 点击Align－－Edit／built Alignment，选择创建一个新的比对，点OK

根据要求选择DNA或者蛋白质序列

3.打开需要比对的.fasta文件

4. 点击Alignment－Align by Clustal W，选择所有序列，出现下图，所有参数为默认，点击OK。

5. 我们看到在未对齐之前，由于序列长度不一样，有些序列长出来很多，而有的序列在这些位点全是gap，为了排除gap位点的干扰。我们需要将序列两端对齐。两端以比对上最短的序列为准，删除其他序列5’和3’多余的部分，可以看到在序列比对上的部分，最上面一行软件标记为“*”，我们需要将没有标记“*”的位点删除，可以用shift一起选择没有标记“*”开始和末端的位点，选好后点击鼠标右键，单击delete删除。

两端对齐之前

两端对齐之后

6. 然后点Data－Export Alignment－MEGA format，选择一个地方保存，输入Title，关闭多序列比对窗口，点击NO。

7. 点击File，打开刚才保存的.Meg文件

8. 点击Phylogeny，有5个构建进化树的方法，一般选择MaximumLikelihood（最大似然法）Neighbor-Joining（邻接法）和Minimum-Evolution（最小进化法）方法，UPGMA和Maximum Parsimony不常用，点YES，运用当前数据。

9.在Test of Phylogeny 选择Bootstrapmethod；No.of Bootstrap replications 输入1000；Mode/Method 核酸选择 Maximum Composite Likehood，氨基酸序列选择Poisson model；Rates among sites 选择Uniform rates；Gaps/Missing Data Treatment 选择 Complete deletion. 点击Compute.(一般来说，如果选择同一基因序列长度较一致，物种间情缘关系较近，每种模型构建的进化树差别不会很大。)

10.选择在orginal tree 中显示进化树，数字代表bootstrap值，一般bootstrap值>70以上的树具有可信度。工具栏上的不同按钮可以对树进行修饰，如

可以对不同聚类分支命名；

可以交换聚类的位置；

选择树根，一般来说选择进化地位比较远的物种作为树根；

选择树的不同表现形式。

妥妥的tree来了，会了么？最后在Image下的Save as 保存,有3种不同的图片格式（.EMF、.PNG和.PDF）。如果还需要对聚类图用其它软件进行修饰，建议保存为.EMF格式。

来源：解螺旋

2016-05-19