用Pubmed来寻找基因信息

如何寻找基因信息

首先,打开 NCBI 网页http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/,选择[gene],输入您要的基因名称(可简写),如 CCR9,搜索。

然后,选择种属,如 homosapiens,点击进入所需基因,下拉网页,在"NCBI Reference sequence (Refseq)"下方,

NG_029472.1就是该基因的genomic DNA 序列号,NM_001256369.1 就是异构体B的mRNA 序列号,而NP_001243298.1 就是NM_001256369.1 相应的氨基酸序列号。同理,NM_031200.2 →NP_112477.1 分别是异构体A 的mRNA 和氨基酸序列号。Genomic context中Location= 3p21.3是指此基因位于3 号染色体短臂(p)2 带1 区3 亚区。

点击进入相应页面就会出现详细的外显子、编码序列等信息。

想要知道详细信息的话,可以点击GenBank,

如果你只想获得序列(例如去设计PCR引物的时候),那就可以选择FASTA,这样就得到了FASTA格式的序列文件,没有其他数字和格式的干扰。

如何选择目前公认的mRNA序号

在这推荐一个网站:mutation@glance,http://harrier.nagahama-i-bio.ac.jp/mutation/。

输入您查找的基因,如 CCR9,"Go"提交,便会出现 CCR9 的相应界面,点进去就能显示公认的序列号和DNA序列。

这样参照的序列号对了,设计引物、基因突变的命名及表述才是对的,发文章时才不会错。(基因突变命名也是一个系统,可以到 NCBI 上下载相关文献)。另外,这一网站DNA序列中也提供了目前文献报道的已知的突变位点和 SNP 位点。非常好用。

来源:解螺旋

2016-06-08