RNA聚合酶Pol III独特地转录小的非编码RNAs，包括5S rRNA（1型）、tRNAs（2型）和其他一些小RNAs（3型），如U6 snRNA。Pol III启动子可以分成三类：类型1、类型2和类型3。其中类型1和类型2启动子位于转录起点的下游，它们分别转录5S rRNA和tRNA，类型3启动子则位于转录起点的上游。
在转录起点下游的类型1启动子包含boxA和boxC两个核心元件；在转录起点下游的类型2启动子则包含boxA和boxB两个核心元件；而在转录起点上游的类型3启动子则由PSE（proximal sequence element）、OCT（octamer motif）和TATA盒三种核心元件组成。
本文主要介绍三种3型Pol III启动子7SK、U6和H1启动子的序列、转录起始位点及它们的一些特点。
加粗部分为TATA盒，绿色背景为+1位
人7SK 启动子:
CTGCAGTATTTAGCATGCCCCACCCATCTGCAAGGCATTCTGGATAGTGTCAAAACAGCCGGAAATCAAGTCCGTTTATCTCAAACTTTAGCATTTTGGGAATAAATGATATTTGCTATGCTGGTTAAATTAGATTTTAGTTAAATTTCCTGCTGAAGCTCTAGTACGATAAGTAACTTGACCTAAGTGTAAAGTTGAGATTTCCTTCAGGTTTATATAGCTTGTGCGCCGCCTGGGTACCTCG
假定的转录起点（+1）与TATA box间隔24nt。研究人员调查发现，NCBI数据库中14种脊椎动物的7SK启动子 +1位都是G。当转录起点是G或者A的时候，转录活性是T或者C的两倍。当+1位为G时，转录起点为+1；当+1位为A时，绝大部分（98.8%）从+1开始转录，只有少部分从-1位开始转录；当+1位为C或者T时，大部分转录起点变成了-1。
人U6 启动子:
GAGGGCCTATTTCCCATGATTCCTTCATATTTGCATATACGATACAAGGCTGTTAGAGAGATAATTGGAATTAATTTGACTGTAAACACAAAGATATTAGTACAAAATACGTGACGTAGAAAGTAATAATTTCTTGGGTAGTTTGCAGTTTTAAAATTATGTTTTAAAATGGACTATCATATGCTTACCGTAACTTGAAAGTATTTCGATTTCTTGGCTTTATATATCTTGTGGAAAGGACGAAACACCG
假定的转录起点(+1)与TATA box间隔23nt，研究人员还调查发现，NCBI数据库中23种脊真核的U6启动子 +1位都是G。+1A/G比+1T/C转录活性会强很多，而且当+1位为A/G时转录起点就是从+1位开始，当+1位为C或者T时，转录起点部分变成或者完全变成-1位。
上述研究结果也就解释了为什么在设计sgRNA时，如果sgRNA的第一位不是G，通常会加上一个G以促进sgRNA的转录。
人H1 启动子:
GGAATTCGAACGCTGACGTCATCAACCCGCTCCAAGGAATCGCGGGCCCAGTGTCACTAGGCGGGAACACCCAGCGCGCGTGCGCCCTGGCAGGAAGATGGCTGTGAGGGACAGGGGAGTGGCGCCCTGCAATATTTGCATGTCGCTATGTGTTCTGGGAAATCACCATAAACGTGAAATGTCTTTGGATTTGGGAATCTTATAAGTTCTGTATGAGACCACTCTTTCCCA
假定的转录起点（+1位）与TATATA box 间隔25nt，研究人员调查发现NCBI数据库中18种真核生物的H1启动子 +1位的碱基分布情况：5A、2T、2C、9G。+1A/G是+1T/C转录活性的2倍，但是转录起点并不保守，大部分位于-3/-1之间。
多项研究表明，U6和7SK启动子的转录活性比H1启动子要更强。
其他物种7SK、U6和H1启动子序列
小鼠U6启动子序列
gatccgacgccgccatctctaggcccgcgccggccccctcgcacagacttgtgggagaagctcggctactcccctgccccggttaatttgcatataatatttcctagtaactatagaggcttaatgtgcgataaaagacagataatctgttctttttaatactagctacattttacatgataggcttggatttctataagagatacaaatactaaattattattttaaaaaacagcacaaaaggaaactcaccctaactgtaaagtaattgtgtgttttgagactataaatatcccttggagaaaagccttgtt
鸡H1启动子序列
ggcaccagacccattcacacccccaaccccccaagctgaggctgcccgtggccccatccatggccttggggacctcgacggatggggcacgcgcaactcctgcaccctcccaaccgctccgtataccgccgctccctcactcccagcacgaggcggggcggggccgccgtcattagcatacaccgcagagcatgccgggtaactcgccctactctaaaagggttccggaaccagagctgtatataggcacttccacaaagtgcgt
猪H1启动子序列
ggtccctctcccgcgcgcagccatggatccctaacatcgacgtcatcaaccacttcctaggaatctgccggcgcagtctcaaggcgggaacatgtattgcgcgtgcgtcctggagcgaagctgcctgcaccggacggggacgaacgcgccacaatatttgcatgtcgcaatgtcttatgggaaatcaccataactatgaaatctctctacttatgggagttttataagtgctcacagaagcagttttcctacgt
小鼠H1启动子序列
GAAGGACGACGTCATCATCCCTTGCCCGGATGCGCGGGCTTCTTGTCTAGCACAGGAGCCTGGGGTAGAGCGCATGCAAATTACGCGCTGTGCTTTGTGGGAAATCACCCTAAACGAAAAATTTATTCCTCTTTCGAGCCTTATAGTGGCGGCCGGTCTACAT
参考文献
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Souce: 纽普生物 2024-08-02