纽普生物

蛋白溶剂可及表面积计算器

上传蛋白结构模型,计算蛋白的溶剂可及表面积。利用该工具也可以计算复合物中各个亚基相互之间作用面积的大小。比如A蛋白与B蛋白形成复合物AB,那么我们可以分别上传A, B, AB的结构模型,分别计算他们的溶剂可及表面积SA,SB,SAB,然后通过计算SA+SB-SAB就可以得到A蛋白与B蛋白作用的面积

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溶剂可及表面积(SASA,solvent-accessible surface area)

蛋白质表面特征是分析蛋白质结构和生物功能的重要工具。在蛋白质折叠过程中,疏水基倾向于埋藏在分子内部,通过研究蛋白质溶剂可及表面积可以获得更多蛋白质折叠和疏水性等信息。可及表面积(ASA,accessible surface area)或溶剂可及表面积(SASA,solvent-accessible surface area)是溶剂可接触的生物分子表面积。 ASA的测量通常以平方埃为单位进行描述(分子生物学中的标准测量单位)。 ASA由Lee&Richards于1971年首次描述,有时被称为Lee-Richards分子表面。 ASA通常使用Shrake&Rupley在1973年开发的“滚球”算法来计算。 该算法使用特定半径的(溶剂的)球体来“探测”分子的表面。