保守区比对上色以一组FASTA或者GCG格式的比对序列作为input，对比对结果进行上色。该程序会检查每一个残基，并和其他序列的同一列残基进行比较，如果残基相同，则给以黑色背景，如果残基相似，则给以灰色背景，其他的残基则给以白色背景。