保守区比对上色以一组FASTA或者GCG格式的比对序列作为input,对比对结果进行上色。该程序会检查每一个残基,并和其他序列的同一列残基进行比较,如果残基相同,则给以黑色背景,如果残基相似,则给以灰色背景,其他的残基则给以白色背景。