CpG岛预测工具能预测潜在的CpG岛，预测的方法为 Gardiner-Garden and Frommer (1987). 计算方法是通过一个200bp的窗口，每次平移1个bp，CpG岛定义为Obs/Exp 值大于0.6，GC含量大于50%。一个窗口中的CpG 二聚体数目的计算方式为窗口中的'C'的碱基数乘以窗口中的'G'的碱基数再除以窗口长度。CpG岛通常发现于脊椎动物基因的5'区域。

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