简并密码子/简并引物设计(deCoDer-R)

该工具通过输入的一种或者多种氨基酸,计算得到编码这些氨基酸的最优简并密码子,可以应用于文库构建.注意;该工具得到的密码子编码的氨基酸可能冗余的,实际编码的氨基酸有可能超出用户指定的范围。比如我们想设计编码F, W, Y三个氨基酸的简并密码子,如果我们使用该工具计算得到的密码子是TDB,这个密码子除了编码F, W, Y之外还编码C, L和包含一个终止密码子;如果我们不想要多余的C,L和终止氨基酸,那么就应该使用简并密码子/简并引物设计(非冗余)(deCoDer-NR)

如果想知道某个简并密码子编码哪些氨基酸,请访问计算简并密码子编码氨基酸工具

请在下面的文本框中输入蛋白氨基酸序列。

1. 输入氨基酸种类:



简并密码子

一个氨基酸由一个以上的三联体密码编码的现象叫做密码子的简并性。其中的密码就叫做简并密码子。

天然氨基酸只有20种,但编码氨基酸的遗传密码表则有60余个,这是因为在同一生物中,同一种氨基酸有至少两个密码子编码。除Trp和Met只有1个密码子外,其它18种氨基酸均有1个以上的密码子,Phe、Tyr、His、Gln、Glu、Asn、Asp、Lys、Cys各有2个密码子;Ile有3个密码子;Val、Pro、Thr、Ala、Gly各有4个密码子;Leu、Arg、Ser各有6个密码子。

IUBcode表

IUB缩写 指代的碱基
M A,C
V A,C,G
R A,G
H A,C,T
W A,T
D A,G,T
S C,G
B C,G,T
Y C,T
N A,G,C,T
K G,T