对于一些蛋白结构模型查看软件如PyMOL，他们的重点放在卡通美学上，对二级结构的处理有时候是比较粗劣和“模糊”的。不同软件往往得到不同的二级结构标注，因此需要一个更加精确和标准的二级结构定义方法，比如DSSP和STRIDE。DSSP是由Wolfgang Kabsch和Chris Sander建立，用来使二级结构定义标准化。DSSP根据蛋白数据库格式（PDB）中的原子坐标定义蛋白质二级结构，几何特征和疏水性。DSSP至今是应用最广泛的二级结构定义系统，它的算法是建立在经典规范定义的氢键探测的基础上。DSSP定义了8种二级结构：H（α-螺旋），G（310-螺旋），I（π-螺旋），B（residue in isolated β-bridge），E（extended strand, participates in β ladder），T(氢键转角)，S（卷曲）和空白（环或无规则卷曲）。

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