纽普生物

在线蛋白质二级结构定义工具

对于一些蛋白结构模型查看软件如PyMOL,他们的重点放在卡通美学上,对二级结构的处理有时候是比较粗劣和“模糊”的。不同软件往往得到不同的二级结构标注,因此需要一个更加精确和标准的二级结构定义方法,比如DSSP和STRIDE。DSSP是由Wolfgang Kabsch和Chris Sander建立,用来使二级结构定义标准化。DSSP根据蛋白数据库格式(PDB)中的原子坐标定义蛋白质二级结构,几何特征和疏水性。DSSP至今是应用最广泛的二级结构定义系统,它的算法是建立在经典规范定义的氢键探测的基础上。DSSP定义了8种二级结构:H(α-螺旋),G(310-螺旋),I(π-螺旋),B(residue in isolated β-bridge),E(extended strand, participates in β ladder),T(氢键转角),S(卷曲)和空白(环或无规则卷曲)。

文件上传支持蛋白结构模型,后缀名为.pdb或.cif,限制10MB大小的文件

1. 结构模型,后缀名为.pdb或.cif,限制10MB大小的文件