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硒代甲硫氨酸替换成甲硫氨酸

在蛋白结晶解析三维结构过程中,求解相位是个必需的步骤。在没有同源结构存在的情况下,硒代甲硫氨基酸标记蛋白是一个常用手段,即通过衍射中的硒代信号从而求得相位信息,进而解出蛋白的三维结构。所以有时候我们从PDB数据库下载得到的结构模型中会含有MSE残基,也就是硒代甲硫氨酸。它不是标准的氨基酸残基,在做分子动力学模拟或者分子对接过程中,Se的存在会经常导致程序报错(很多时候是因为这些程序都没有硒的力场参数)。因此,为了简化一些实际操作,有必要将MSE替换成MET。

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1. 结构模型,后缀名为.pdb,限制10MB大小的文件