本工具为植物蛋白翻译后修饰（PTM）分析页面，支持九类任务：acetylation、n_glycosylation、ubiquitination、phosphorylation、crotonylation、hydroxyisobutyrylation、malonylation、s_acylation、succinylation，可进行位点概率预测与突变效应评估。
方法采用 PlantPTM 数据集（Molecular Plant），整合 5 个 PTM 公共数据库及文献实验质谱数据，覆盖拟南芥、水稻等 6 种植物，包含 N-糖基化、S-酰化、赖氨酸酰化、泛素化、磷酸化共 9 类翻译后修饰位点；融合蛋白质语言模型表示与结构特征：RSA(1) + pLDDT(1) + SS(3) + angles(6) = 11 维。模型可以在残基级输出修饰概率，并提供 假阳性率（FPR） 参考；在突变模式下可比较 WT 与突变体概率差异（delta_prob），用于快速筛选潜在功能性突变。
工具局限性：1）当前模型未显式引入亚细胞定位信息，可能在特定细胞区室背景下产生生物学不合理的预测；2）训练数据覆盖 6 种植物，超出训练物种范围的结果需谨慎解读并建议结合实验验证。
1. 任务类型
2. 分析模式
模型性能指标
| 任务 | AUPRC | AUROC | MCC | F1 | Precision | Sn | Sp | BestThreshold |
|--------------------------|---------:|---------:|---------:|---------:|----------:|---------:|---------:|--------------:|
| acetylation_k | 0.293598 | 0.857072 | 0.320577 | 0.353425 | 0.293675 | 0.443698 | 0.945135 | 0.690 |
| glycosylation_n | 0.541512 | 0.954157 | 0.564524 | 0.572741 | 0.433875 | 0.842342 | 0.915101 | 0.320 |
| ubiquitination_k | 0.224094 | 0.802456 | 0.254521 | 0.292695 | 0.211087 | 0.477178 | 0.890374 | 0.535 |
| phosphorylation_st | 0.297552 | 0.869686 | 0.333739 | 0.357119 | 0.296542 | 0.448798 | 0.957550 | 0.860 |
| phosphorylation_y | 0.238416 | 0.775083 | 0.261183 | 0.317265 | 0.227309 | 0.525046 | 0.849311 | 0.560 |
| crotonylation_k | 0.351780 | 0.837288 | 0.354494 | 0.411367 | 0.297756 | 0.665167 | 0.827394 | 0.520 |
| hydroxyisobutyrylation_k | 0.419311 | 0.852072 | 0.403022 | 0.470808 | 0.381343 | 0.615117 | 0.877028 | 0.680 |
| malonylation_k | 0.208657 | 0.781781 | 0.252083 | 0.291367 | 0.210117 | 0.475073 | 0.888787 | 0.595 |
| s_acylation_c | 0.370137 | 0.753056 | 0.343977 | 0.472527 | 0.419512 | 0.540881 | 0.837209 | 0.590 |
| succinylation_k | 0.262392 | 0.784928 | 0.263801 | 0.306056 | 0.196222 | 0.695167 | 0.739898 | 0.380 |
参考文献
Dou, G., Wang, K., Qin, Z., Zhang, M., Zhang, W., Miao, C., Li, J., & Chen, Z. (2026). PlantPTM: A deep learning framework integrating protein language models with multi-view features for predicting diverse post-translational modification sites in plants. Molecular Plant , S1674-2052(26)00260-1. Advance online publication. https://doi.org/10.1016/j.molp.2026.08.002
最后更新时间: 2026-08-25