特异性消化目的蛋白底物
该工具可模拟蛋白质分解酶的水解行为。其主要目的是预测肽类底物的水解结果。
该工具目前为39种酶/试剂建立了消化模型。这种模型有些简单化，因为它们主要是基于正则表达式的，并没有考虑到动力学/温度效应、溶剂可及表面积、二级或三级结构元素等细微的因素。
目前使用的酶/试剂有:
- Alcalase（碱性内切蛋白酶）
- Arg-C proteinase（梭菌蛋白酶，精氨酸残基的C末端进行剪切）
- Asp-N endopeptidase（Asp-N胞内蛋白酶，特异水解Asp的氨基端）
- Asp-N endopeptidase + N-terminal Glu
- BNPS-Skatole
- Caspase1（胱天蛋白酶1）
- Caspase2（胱天蛋白酶2）
- Caspase3（胱天蛋白酶3）
- Caspase4（胱天蛋白酶4）
- Caspase5（胱天蛋白酶5）
- Caspase6（胱天蛋白酶6）
- Caspase7（胱天蛋白酶7）
- Caspase8（胱天蛋白酶8）
- Caspase9（胱天蛋白酶9）
- Caspase10（胱天蛋白酶10）
- Chymotrypsin（糜蛋白酶）-高特异性 (C-term to [FYW], not before P)
- Chymotrypsin（糜蛋白酶）-低特异性 (C-term to [FYWML], not before P)
- Clostripain（梭菌肽酶B）
- CNBr
- 肠激酶
- Factor Xa
- Formic acid（甲酸）
- Glutamyl endopeptidase（谷氨酰内肽酶）
- Granzyme B（颗粒酶B）
- Hydroxylamine（羟胺）
- HCl
- Iodosobenzoic acid（碘苯甲酸）
- LysC（内切蛋白酶Lys-C，切割赖氨酸的羧基端）
- LysN（内切蛋白酶Lys-N，切割赖氨酸的氨基端）
- NTCB (2-nitro-5-thiocyanobenzoic acid)
- Pepsin (pH1.3)（胃蛋白酶）
- Pepsin (pH>2)（胃蛋白酶）
- Proline-endopeptidase（脯氨酰内肽酶）
- Proteinase K（蛋白酶K，切割脂族氨基酸和芳香族氨基酸的羧基端）
- Staphylococcal peptidase I（葡萄球菌肽酶I）
- Thermolysin（嗜热菌蛋白酶）
- Thrombin（凝血酶）
- Tobacco etch virus protease（烟草花叶病毒蛋白酶）
- Trypsin（胰蛋白酶）