蛋白质二级结构（secondary structure of protein）是指多肽主链骨架原子沿一定的轴盘旋或折叠而形成的特定的构象，即肽链主链骨架原子的空间位置排布，不涉及氨基酸残基侧链。蛋白质二级结构的主要形式包括α-螺旋、β-折叠、β-转角和无规卷曲。由于蛋白质的分子量较大，因此，一个蛋白质分子的不同肽段可含有不同形式的二级结构。维持二级结构的主要作用力为氢键。一种蛋白质的二级结构并非单纯的α螺旋或β折叠结构,而是这些不同类型构象的组合,只是不同蛋白质各占多少不同而已。
1. 蛋白质序列:
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二级结构预测
二级结构预测在蛋白质机器学习、酶活性残基分析、蛋白结构预测等方面都是不可缺少的一环。PSIPRED作为一个常用的蛋白质二级结构预测工具，常见于各种蛋白质序列的预测论文中。输出结果中，H代表Helix，C代表Coil，E代表Strand。
参考文献
- Jones, D.T. (1999) Protein secondary structure prediction based on position-specific scoring matrices. J. Mol. Biol. 292:195-202.