信号肽是引导新合成的蛋白质向分泌通路转移的短（长度5-30个氨基酸）肽链。通常，信号肽定位于蛋白质的N端（有时不一定在N端）。信号肽通常比较疏水，主要作用是促进蛋白分泌到胞外。在进行重组蛋白表达前，需要对序列进行信号肽预测，然后依据信号肽预测结果对信号肽进行删除、替换或者追加。
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1. 蛋白质序列:
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信号肽简介
信号肽是蛋白质N-末端一段编码长度为5-30的疏水性氨基酸序列，用于引导新合成蛋白质向通路转移的短肽链。信号肽存在于分泌蛋白、跨膜蛋白和真核生物细胞器内的蛋白中。
信号肽指引蛋白质转移的方式有两种：（1）常规的分泌（Sec/secretory）通路；（2）双精氨酸转移（Tat/twin-arginine）通路。前者存在于原核生物蛋白质转移到质膜过程中，以及真核生物蛋白质转移到内质网膜的过程中。后者存在于细菌、古菌、叶绿体和线粒体中，信号肽序列较长、疏水性较弱且尾部区含有两个连续精氨酸。相比于前者转运非折叠蛋白质，后者能转运折叠蛋白质跨越双层脂质膜 。
信号肽指引蛋白质转运后，将由信号肽酶进行切除。信号肽酶有三种：（1）一型信号肽酶（SPaseI）；（2）二型信号肽酶（SPaseII）；（3）三型信号肽酶（SPaseIII）。大部分信号肽由SPaseI进行移除，SPaseI存在古菌、细菌和真核生物中，且在真核生物的内质网膜上仅存在一型信号肽酶。细菌和古菌脂蛋白的信号肽C端含有一段称为 lipobox 的保守区域，由SPaseII切除其信号肽，且lipobox紧邻切除位点（CS/Cleavage Site）的氨基酸是半胱氨酸，这和锚定到膜的功能是相关的。细菌的四型菌毛蛋白信号肽由SPaseIII进行切除。此外：分泌通路（Sec）相关信号肽能由SPaseI、SPaseII和SPaseIII切除，但是双精氨酸转移（Tat）通路相关信号肽仅由 SPaseI和SPaseII切除。
SignalP 5.0能对原核生物的信号肽Sec/SPI、Sec/SPII和Tat/SPI，和对真核生物仅含有 Sec/SPI信号肽进行预测 。 SignalP 5.0目前不能对Tat/SPII进行预测。此外，由于没有足够大的数据进行训练，SignalP 5.0 也不能对Sec/SPIII进行分析。
参考文献
- Almagro Armenteros JJ, Tsirigos KD, Sønderby CK, et al. SignalP 5.0 improves signal peptide predictions using deep neural networks. Nat Biotechnol. 2019;37(4):420‐423. doi:10.1038/s41587-019-0036-z