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蛋白质跨膜区预测

跨膜区即蛋白质序列中跨越细胞膜的区域,通常为α-螺旋结构,约20~25个氨基酸残基,构成跨膜区蛋白的氨基酸大部分是疏水性氨基酸。对序列进行跨膜区预测是十分必要的。通常,膜蛋白不能在原核表达系统中表达,如果对序列进行跨膜区预测发现序列中存在跨膜区,则在后续需要选择真核表达系统进行表达;如果想利用原核表达系统进行表达,需要对跨膜区序列进行删除。

1. 蛋白质序列:

全长:0



结果分析

跨膜区预测结果中有三个值:Inside、Outside、Transmembrane。

Inside表示胞内区,inside数值越大,表示该氨基酸位于胞内区的可能性越大;

Outside表示胞外区,outside数值越大,表示该氨基酸位于胞外区的可能性越大。

Transmembrane表示跨膜区,Transmembrane数值越大,表示该氨基酸在跨膜区的可能性越大;

注意1:如果某条序列预测结果为Inside或者Outside,那么表明它没有跨膜结构域,此时不应将Inside或者Outside理解为该蛋白的细胞定位。

注意2:有可能会把信号肽区域预测为跨膜区,注意区分;可以先用信号肽预测工具预测信号肽

注意3:不要用该程序来预测蛋白的细胞定位!

参考文献

  • A. Krogh, B. Larsson, G. von Heijne, and E. L. L. Sonnhammer. Predicting transmembrane protein topology with a hidden Markov model: Application to complete genomes. Journal of Molecular Biology, 305(3):567-580, January 2001.