跨膜区即蛋白质序列中跨越细胞膜的区域，通常为α-螺旋结构，约20~25个氨基酸残基，构成跨膜区蛋白的氨基酸大部分是疏水性氨基酸。对序列进行跨膜区预测是十分必要的。通常，膜蛋白不能在原核表达系统中表达，如果对序列进行跨膜区预测发现序列中存在跨膜区，则在后续需要选择真核表达系统进行表达；如果想利用原核表达系统进行表达，需要对跨膜区序列进行删除。
1. 蛋白质序列:
全长:0
结果分析
跨膜区预测结果中有三个值：Inside、Outside、Transmembrane。
Inside表示胞内区，inside数值越大，表示该氨基酸位于胞内区的可能性越大；
Outside表示胞外区，outside数值越大，表示该氨基酸位于胞外区的可能性越大。
Transmembrane表示跨膜区，Transmembrane数值越大，表示该氨基酸在跨膜区的可能性越大；
注意1：如果某条序列预测结果为Inside或者Outside，那么表明它没有跨膜结构域，此时不应将Inside或者Outside理解为该蛋白的细胞定位。
注意2：有可能会把信号肽区域预测为跨膜区，注意区分；可以先用信号肽预测工具预测信号肽
注意3：不要用该程序来预测蛋白的细胞定位！
参考文献
- A. Krogh, B. Larsson, G. von Heijne, and E. L. L. Sonnhammer. Predicting transmembrane protein topology with a hidden Markov model: Application to complete genomes. Journal of Molecular Biology, 305(3):567-580, January 2001.