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抗体可变区CDR标注

对抗体可变区进行CDR和FR区域的标注;用户需要选择一种编号系统,编号方案(antibody numbering scheme)有:IMGT, Chothia, Kabat, Martin (扩展版Chothia);标注方案(definition scheme)包括:Chothia, Kabat, IMGT及 Contact。注意:Kabat编号方案与Contact定义方案不兼容。如需对抗体氨基酸序列进行编号,请访问抗体序列编号工具

1. 输入单条蛋白序列(非FASTA格式):

全长:0

2. 选择编号方案:

3. 选择定义方案:

抗体可变区注释

Kabat定义方案:基于序列可变性(variability),使用最为广泛,但是有缺陷。

Chothia定义方案:基于结构loop区的位置

Contact 定义方案:基于现有的抗体复合物晶体结构数据。这个定义方案对于希望通过突变来改变抗体亲和力的人来说可能是最有用的,因为这些残基参与了与抗原的相互作用。

Loop Kabat AbM Chothia1 Contact2 IMGT
L1 L24--L34 L24--L34 L24--L34 L30--L36 L27--L32
L2 L50--L56 L50--L56 L50--L56 L46--L55 L50--L51
L3 L89--L97 L89--L97 L89--L97 L89--L96 L89--L97
H1 H31--H35B
(Kabat Numbering)3
H26--H35B H26--H32..34 H30--H35B H26--H35B
H1 H31--H35
(Chothia Numbering)
H26--H35 H26--H32 H30--H35 H26--H33
H2 H50--H65 H50--H58 H52--H56 H47--H58 H51--H56
H3 H95--H102 H95--H102 H95--H102 H93--H101 H93--H102

注1:不同文献中的标注略有不同,特别是Chothia标注方案

注2:除了contact标注方案使用Chothia或者Martin编号方案外,其他的标注方案都能与各种编号方案兼容

注3: the end of the Chothia CDR-H1 loop when numbered using the Kabat numbering convention varies between H32 and H34 depending on the length of the loop. (This is because the Kabat numbering scheme places the insertions at H35A and H35B.) 如果H35A和H35B都不存在时,那么CDR-H1结束在32位; 如果只有H35A存在时,那么CDR-H1结束在33位;如果H35A和H35B同时存在,那么CDR-H1结束在34位

参考资料

http://www.bioinf.org.uk/abs/info.html